Los recursos que financian la compensación en el régimen contributivo provienen de la diferencia entre los ingresos por cotización de sus afiliados y el valor de las Unidades de Pago por Capitación, UPC, que le serán reconocidos por el Sistema a cada Entidad Promotora de Salud. Las entidades cuyos ingresos por cotización sean mayores que las Unidades de Pago por Capitación reconocidas trasladarán estos recursos a la subcuenta de compensación, para financiar a las entidades en las que aquéllos sean menores que las últimas.
La Superintendencia Nacional de Salud realizará el control de las sumas declaradas y tendrá la facultad de imponer las multas que defina el respectivo reglamento.