Son funciones del Comité de Salud de las Fuerzas Militares las siguientes:
Desarrollar y supervisar el cumplimiento de las políticas, planes y programas que defina el CSSMP respecto del Subsistema de Salud de las Fuerzas Militares;
Aprobar preliminarmente el Plan de Servicios de Sanidad Militar y el programa general de administración, transferencia interna y aplicación de recursos para el Subsistema;
Conceptuar sobre el anteproyecto de presupuesto de la Dirección General de Sanidad Militar;
Evaluar el funcionamiento de los establecimientos de sanidad militar que cubrirán el servicio de salud asistencial y operacional a los afiliados y beneficiarios del Subsistema de Salud de las Fuerzas Militares;
Darse su propio reglamento;
Las demás que le señalen la ley o los reglamentos.