Las funciones de la Fiscalía General Penal Militar y Policial se cumplen a través del Fiscal General Penal Militar y Policial, de los Fiscales Penales Militares y Policiales Delegados ante el Tribunal Superior Militar y Policial, de los Fiscales Penales Militares y Policiales Delegados ante los Jueces Penales Militares y Policiales y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Los Fiscales Penales Militares y Policiales Delegados ante los Jueces Penales Militares y Policiales se ubicarán por la Dirección Ejecutiva de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, atendiendo sus atribuciones y las necesidades judiciales presentadas por el Fiscal General Penal Militar y Policial.
Corresponde a la Fiscalía General Penal Militar y Policial, en desarrollo de atribuciones constitucionales y legales, la dirección, coordinación, control jurídico y verificación técnico-científica de las actividades que desarrolle la policía judicial en los términos previstos en el Código Penal Militar.