El Ministerio de Trabajo implementará un Plan Anual de Visitas para realizar la supervisión, inspección y control administrativo, operativo y de gestión financiera de las Juntas de Calificación de Invalidez y verificará, entre otros aspectos, los tiempos de resolución de casos, la notificación y participación real de las partes involucradas en los procesos, el cumplimiento del debido proceso y el respeto de los derechos legales de todas las partes.
Así mismo implementará un sistema de información sobre el estado de cada proceso en trámite y podrá imponer multas en forma particular a cada integrante de las juntas hasta por cien (100) salarios mínimos legales mensuales, graduales según la gravedad de la falta, por violación a las normas, procedimientos y reglamentación del Sistema General de Riesgos Laborales. Los recaudos por multas serán a favor del Fondo de Riesgos Laborales.
La Contraloría General de la República tendrá el control fiscal sobre los dineros que ingresen a las Juntas de Calificación de Invalidez por ser dineros de carácter público.
La Procuraduría General de la Nación tendrá el control disciplinario sobre los integrantes de las Juntas de Calificación de Invalidez por ser particulares que ejercen funciones públicas.