La Junta de Inteligencia Conjunta tiene las siguientes funciones:
Producir estimativos de inteligencia que apoyen la toma de decisiones por parte del Gobierno Nacional.
Producir documentos consolidados de inteligencia estratégica.
Elaborar el Plan Nacional de Inteligencia.
Asegurar que existan procedimientos adecuados de protección de la información.
Desarrollar los protocolos que definan los procedimientos y requerimientos para el intercambio de información entre organismos y de uso de los productos por parte de los usuarios.
Coordinar la distribución de tareas entre los organismos promoviendo la especialización y evitando la duplicidad de esfuerzos.
Coordinar los planes de adquisición y compras.
Promover y garantizar la capacitación y profesionalización de los funcionarios que realicen actividades de inteligencia y contrainteligencia, especialmente de los analistas. Para ello se promoverá la celebración de convenios de cooperación educativa con organismos nacionales, internacionales o extranjeros.
Establecer, dirigir y orientar un centro de fusión y análisis interagencial de la información el cual dependerá de la Junta y estará conformado por un analista de cada organismo. El gobierno reglamentará la materia.
Coordinar la producción de un reporte de análisis estratégico mensual dirigido al Presidente de la República, sin perjuicio de los que puedan elaborarse para temas coyunturales.
La JIC creará Juntas de Inteligencia Regionales cuya función es la coordinación de las actividades de inteligencia y contrainteligencia a nivel regional.
El Gobierno Nacional reglamentará la elaboración del reporte de análisis estratégico mensual, los protocolos de entrega y la autorización de su conocimiento por parte de otros funcionarios del Estado.