Los recursos del Sistema General de Participaciones no harán Unidad de caja con los demás recursos del presupuesto y su administración deberá realizarse en cuentas separadas de los recursos de la entidad y por sectores. Igualmente, por su destinación social constitucional, estos recursos no pueden ser sujetos de embargo, titularización u otra clase de disposición financiera.
Los rendimientos financieros de los recursos del sistema general de participaciones que se generen una vez entregados a la entidad territorial, se invertirán en el mismo sector para el cual fueron transferidos. En el caso de la participación para educación se invertirán en mejoramiento de la calidad.