El control fiscal de la Empresa corresponde a la Contraloría General de la República, de conformidad con el artículo 7° de la Ley 154 de 1959.
Para el ejercicio de la vigilancia de la gestión fiscal de que trata el presente artículo, la Contrataría General de la República adoptará sistemas apropiados a la naturaleza especial de la Empresa " Puertos de Colombia" , acordes con el género de sus actividades, respetando su autonomía administrativa y consultando sus modalidades técnicas y comerciales, en orden a facilitar su funcionamiento y el cumplimiento de sus finalidades.