El Gobierno nacional reglamentará la integración, organización y funcionamiento del Sistema Nacional de Desarrollo Rural para las Zidres, que será coordinado por el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural. Las entidades que lo integran se agruparán en sistemas, con las atribuciones y objetivos que determine el Gobierno nacional.
La definición del carácter y naturaleza jurídica de los organismos integrantes del Sistema Nacional de Desarrollo Rural para las Zidres se sujetará a lo establecido en la Ley 489 de 1998.
El Consejo Nacional de Política Económica y Social (Conpes) aprobará la estrategia multisectorial de desarrollo del sector rural, acordará las inversiones orientadas a promover el desarrollo de las áreas rurales y evaluará periódicamente el desempeño del Sistema Nacional de Desarrollo Rural para las Zidres, para lo cual sesionará al menos dos (2) veces por año.
El Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural será responsable de liderar y coordinar la formulación de la política general de desarrollo rural, con base en criterios de ordenamiento productivo y social que permitan determinar las áreas prioritarias de desarrollo rural. Para tal efecto, establecerá a través de la UPRA el uso actual y potencial del suelo, ordenará las zonas geográficas de acuerdo con sus características biofísicas, hidrológicas, sus condiciones económicas, sociales y de infraestructura, y definirá los lineamientos, criterios y parámetros necesarios que deben ser considerados para la elaboración de los planes, planes básicos y esquemas de ordenamiento territorial en las zonas rurales de los municipios .
Asimismo, el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural definirá la frontera agrícola teniendo en cuenta las definiciones de las zonas de reserva ambiental y demás restricciones al uso del suelo impuestas por cualquier autoridad gubernamental.
Con anterioridad a la fecha de inscripción de los proyectos en el Banco de Proyectos de Inversión del Departamento Nacional de Planeación, el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural enviará a las entidades y organismos que integran el Sistema una relación de las zonas seleccionadas como prioritarias para la estrategia de desarrollo rural Zidres, así como los programas que en ellas se adelantarán, para los cuales se determinará la participación que le corresponde a cada una de tales entidades.
El Departamento Nacional de Planeación apoyará la coordinación entre los distintos Ministerios y entidades del Gobierno nacional, con el fin de facilitar la formulación de las políticas de desarrollo rural y de que se tomen las medidas para su ejecución en los planes anuales de inversión. Los organismos y entidades integrantes del Sistema Nacional deberán incorporar en los respectivos anteproyectos anuales de presupuesto las partidas necesarias para desarrollar las actividades que les correspondan, conforme con lo establecido en el artículo 346 de la Constitución Política.