Son funciones de la Junta Directiva Nacional
Adoptar la política general de la Empresa y los planes programas que se deban ejecutar.
Con aprobación del Gobierno Nacional, adoptar los estatutos de la Empresa y cualquier reforma que a ellos se introduzca.
Con aprobación del Gobierno Nacional, fijar las tarifas que deban cobrarse por los servicios que preste la Empresa.
Aprobar el presupuesto anual que ha de ejecutar la Oficina Principal.
Fijar la estructura administrativa de la Empresa, la planta de personal y escala de remuneración de la Oficina Principal y de los terminales marítimos y fluviales.
Autorizar los actos y contratos de la Empresa en las condiciones y cuantías señaladas en los estatutos.
Aprobar los estados financieros consolidados que le sean presentados.
Conceptuar sobre la conveniencia de las comisiones al exterior del Gerente General y de los demás servidores de la entidad.
Fijar la escala de viáticos para los empleados y trabajadores de la entidad.
Vigilar el funcionamiento general de la Empresa y verificar su conformidad con la política adoptada.
Autorizar a los terminales marítimos la ejecución de las obras y adjudicación de equipos operativos, de acuerdo con el programa de desarrollo portuario nacional.
Autorizar al Gerente General para negociar convenciones colectivas de trabajo, de acuerdo con las políticas fijadas por el Gobierno Nacional.