Las amnistías, indultos y los tratamientos penales tales como la extinción de responsabilidades y sanciones penales y administrativas o renuncia del Estado a la persecución penal establecidos en el acuerdo de Jurisdicción Especial para la Paz, incluidos los diferenciados para agentes del Estado, prevalecerán sobre las actuaciones de cualquier jurisdicción o procedimiento, en especial sobre actuaciones penales, disciplinarias, administrativas, fiscales o de cualquier otro tipo, por conductas ocurridas en el marco del conflicto interno, por causa, con ocasión o en relación directa o indirecta a este.
La amnistía será un mecanismo de extinción de la acción penal, disciplinaria, administrativa y fiscal, cuya finalidad es otorgar seguridad jurídica a los integrantes de las FARC-EP o a personas acusadas de serlo, tras la firma del Acuerdo Final de Paz con el Gobierno nacional y la finalización de las hostilidades, todo ello sin perjuicio de lo establecido en el artículo 41 sobre extinción de dominio.
En lo que respecta a la sanción disciplinaria o administrativa, la amnistía tendrá también el efecto de anular o extinguir la responsabilidad o la sanción disciplinaria o administrativa impuesta por conductas relacionadas directa o indirectamente con el conflicto armado.