Las entidades territoriales, para la administración y manejo de los recursos del Sistema General de Participaciones y de todos los demás recursos destinados al sector salud, deberán organizar un fondo departamental, distrital o municipal de salud, según el caso, que se manejará como una cuenta especial de su presupuesto, separada de las demás rentas de la entidad territorial y con unidad de caja al interior del mismo, conservando un manejo contable y presupuestal independiente y exclusivo, que permita identificar con precisión el origen y destinación de los recursos de cada fuente. En ningún caso, los recursos destinados a la salud podrán hacer unidad de caja con las demás rentas de la entidad territorial. El manejo contable de los fondos de salud debe regirse por las disposiciones que en tal sentido expida la Contaduría General de la Nación.
Los recursos del régimen subsidiado no podrán hacer unidad de caja con ningún otro recurso.
A los fondos departamentales, distritales o municipales de salud deberán girarse todas las rentas nacionales cedidas o transferidas con destinación específica para salud, los recursos libremente asignados para la salud por el ente territorial, la totalidad de los recursos recaudados en el ente territorial respectivo que tengan esta destinación, los recursos provenientes de cofinanciación destinados a salud, y en general los destinados a salud, que deban ser ejecutados por la entidad territorial.
. Para vigilar y controlar el recaudo y adecuada destinación de los ingresos del Fondo de Salud, la Contraloría General de la República deberá exigir la información necesaria a las entidades territoriales y demás entes, organismos y dependencias que generen, recauden o capten recursos destinados a la salud.
El control y vigilancia de la generación, flujo y aplicación de los recursos destinados a la salud está a cargo de la Superintendencia Nacional de Salud y se tendrá como control ciudadano en la participación en el Consejo Nacional de Seguridad Social en Salud , con voz pero sin voto. El Gobierno reglamentará la materia.
. Sólo se podrán realizar giros del Sistema General de Participaciones a los fondos de salud.