Corresponde a la Secretaría de Gobierno conocer de los negocios relacionados con el control y conservación del orden público departamental, la dirección de la actividad de los Alcaldes como Agentes del Gobierno, la coordinación de los asuntos municipales, de acción comunal, de integración popular, de asuntos indígenas y cooperativismo; la supervisión de la administración a nivel municipal; y la tramitación y expedición de pasaportes de acuerdo con-las delegaciones del Ministerio de Relaciones Exteriores.
Las funciones relacionadas con el mantenimiento y conservación del orden público y la coordinación de los organismos encargados de mantenerlo y establecerlo; la supervisión de los establecimientos carcelarios, la prestación de los servicios de medicina legal y la revisión de las providencias de autoridades departamentales o municipales en asuntos de policía según las normas vigentes, serán de la directa responsabilidad del Secretario de Gobierno.