Los métodos aceptados para análisis microbiológico del agua son los siguientes: Para Escherichia Coli: Filtración por membrana y sustrato definido. Para Coliformes Totales: Filtración por membrana y sustrato definido.
Método de tubos múltiples de fermentación y recuento en placa (siembra en profundidad) se seguirá empleando hasta el año 2000; por lo tanto, a partir de la entrada en vigencia del presente decreto los laboratorios que no empleen los métodos aceptados para análisis microbiológico, deberán implementarlos y estandarizarlos; igualmente se adoptarán otras metodologías debidamente validadas por el Instituto Nacional de Salud y aprobadas por el Ministerio de Salud, mediante el correspondiente acto administrativo.