Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 1 CONSEJO DE ESTADO SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO SECCIÓN SEGUNDA – SUBSECCIÓN A CONSEJERO PONENTE: LUIS EDUARDO MESA NIEVES Bogotá, D.C., veinticinco (25) de septiembre de dos mil veinticinco (2025) Referencia: Nulidad y restablecimiento del derecho Radicación: 05001 23 33 000 2015 00868 02 (0631-2025) Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Demandado: Nación- Fiscalía General de la Nación Tema: Bonificación por compensación. SENTENCIA DE SEGUNDA INSTANCIA 1.

Se procede a resolver los recursos de apelación interpuesto por las partes contra la sentencia del 25 de julio de 2024, proferida por el Tribunal Administrativo de Antioquia- Sala Transitoria, que accedió parcialmente a las pretensiones de la demanda. I.

ANTECEDENTES Pretensiones de la demanda. 2. La parte demandante solicitó la nulidad del Oficio 20143100071271 de 28 de octubre de 20141, mediante el cual la Fiscalía General de la Nación negó el reconocimiento y pago del reajuste de la bonificación por compensación a la actora. 3. A título de restablecimiento del derecho, peticionó2:1) «[…] a reconocer y pagar a favor de la doctora MARTHA LUCIA MEJÍA DUQUE, quien ocupa el cargo de FISCAL DELEGADA ANTE TRIBUNAL DE DISTRITO DE LA FISCALÍA GENERAL DE LA NACIÓN, LA RETROACTIVIDAD POR CONCEPTO DE BONIFICACIÓN POR COMPENSACIÓN CON CARÁCTER PERMANENTE QUE ESTABLECIERON EN SU FAVOR LOS DECRETOS 610 Y 1239 DE 1998, 1 Folios 36-37 del expediente. 2 Se hace transcripción textual de las pretensiones de la demanda del numeral 2.

Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 2 por los cuales sus ingresos laborales totales en todo momento debieron ser iguales al 80% de lo que devengan los magistrados de las Altas Cortes Colombianas, reconociendo y pagando el efecto que produce este ingreso laboral en las prestaciones sociales como primas de servicios, de vacaciones y de navidad, cesantías, intereses a las cesantías, además de ordenar la inclusión de la bonificación por compensación en la liquidación de las cesantías.

La liquidación definitiva de la suma que se reclama deberá tener en cuenta cualquier aumento en la remuneración que hayan percibido los magistrados de las altas corporaciones judiciales de Colombia, con los ajustes monetarios correspondientes para que se llegue a la proporción del 80% ordenada por el Decreto 610 de 1998. El lapso de tiempo por el que se causó la retroactividad reclamada.

Está comprendido entre el 1 de septiembre de 2003 y el 27 de enero de 2012.», 2) entre otras condenas. 4. Igualmente, como pretensión subsidiaria solicitó «reconocer y pagar […] la bonificación por compensación de carácter permanente, sumada a los demás ingresos laborales permanentes iguales el (sic) 80% de la prima especial de servicios y demás ingresos laborales totales devengados por los magistrados de las Altas Cortes Colombianas».

Hechos que fundamentan la demanda. 5. Como hechos relevantes, el apoderado judicial de la demandante señaló los siguientes: 6. La actora se desempeña como fiscal delegado ante el Tribunal de Distrito de la Dirección Seccional de Fiscalías de Armenia desde el 1 de septiembre de 2003. 7. Elevó petición el 19 de septiembre de 2014, reiterada el 21 de octubre de 2014, solicitando el reajuste de la bonificación por compensación, la cual fue negada mediante el Oficio 20143100071271 de 28 de octubre de 2014.

Fundamentos de derecho. 8. Para el abogado de la parte actora, las decisiones sometidas a juicio vulneraron las siguientes disposiciones: artículos 2, 4, 5, 13, 25, 53, 58 y 249 de la Constitución Política; 1 y 2 de la Ley 4 de 1992, Decreto 610 de 1998, Leyes 319 de 1996, 938 de 2004 y 1395 de 2010; y el Decreto 16 de 2014. 9. Al desarrollar el concepto de violación, adujo que con la nulidad del Decreto 4040 de 2004 mediante la sentencia del 14 de diciembre de 2011, proferida por el Consejo de Estado, la cual tiene efectos ex tunc, se entiende que la norma nunca existió y como consecuencia las cosas deben volver a su estado anterior, Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 3 por lo que se entiende que el Decreto 610 de 1998 siempre estuvo vigente.

Por lo tanto, la actora adquirió el derecho a recibir una remuneración mensual equivalente al 80% de la remuneración laboral que por todo concepto recibían los magistrados de las Altas Cortes. Contestación de la demanda. 10. Dentro de la oportunidad de ley, la Fiscalía General de la Nación contestó la demanda3, indicando que el Decreto 4040 de 2004 establece que la bonificación por gestión judicial será cancelada a partir del 1 de enero de 2004, para aquellos que se vinculen al servicio de la entidad en los cargos de fiscal delegado ante Tribunal.

Por lo tanto, no es viable acceder a la petición del reconocimiento del 10% adicional contemplado en el Decreto 610 de 1998, ya que el mismo se aplicó durante el periodo comprendido entre los meses de enero y agosto de 1999. Sentencia de primera instancia. 11. Mediante sentencia proferida el 25 de julio de 20244, se accedió parcialmente a las súplicas de la demanda.

Para arribar a esa decisión, el a quo, luego de referenciar el marco normativo y jurisprudencial aplicable al caso concreto, concluyó que la bonificación por compensación fue creada mediante el Decreto 610 de 1998, que recobró su vigencia a partir de la ejecutoria de la sentencia que declaró la nulidad del Decreto 4040 de 2004, y por lo tanto se elevó el monto del salario del 70% al 80% de lo que por todo concepto devengan anualmente los magistrados de Altas Cortes. 12.

A título de restablecimiento del derecho ordenó «Reconocer y pagar a favor de la señora MARTHA LUCÍA MEJÍA DUQUE en su condición de Fiscal Delegada ante Tribunal de Distrito, las diferencias adeudadas por concepto de BONIFICACIÓN POR COMPENSACIÓN desde el 03 de diciembre de 2004 al 27 de enero de 2012, atendiendo para su liquidación el 80% de todos los ingresos que devenguen anualmente los Magistrados de Altas Cortes, esto es, incluido el pago de la prima especial la cual debió haberse liquidado teniendo en cuenta el auxilio de cesantía percibido por los Congresistas». 13.

Lo anterior, «atendiendo a que sumada la bonificación por compensación, la prima especial de servicios, cesantías y los demás ingresos laborales del servidor, no se supere el 80% de los ingresos laborales que por todo concepto perciben los Magistrados de las Altas Cortes. Además, se realizarán los 3 Folios 77-96 del expediente. 4 Índice 50 gestión en otros despachos de SAMAI.

Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 4 descuentos correspondientes a la Seguridad Social en pensiones, en los porcentajes correspondientes». 14. Por otro lado, declaró probada la excepción de prescripción de los derechos causados con anterioridad al 3 de diciembre de 2004, conforme a lo dispuesto en la sentencia del 2 de septiembre de 2019, proferida por la Sala de Conjueces de la Sección Segunda del Consejo de Estado.

Recurso de apelación. Parte demandante 15.Inconforme con esa decisión, el apoderado de la parte demandante la recurrió en apelación5. En su intervención, censuró parcialmente la decisión del tribunal de primera instancia, pues a su juicio no ha operado el fenómeno de la prescripción de los derechos laborales, pues el Consejo de Estado, en sentencia del 14 diciembre de 2011 declaró la nulidad del Decreto 4040 de 2004, el cual tiene efectos ex – tunc, por lo que se entiende que la norma nunca existió y como consecuencia las cosas deben volver a su estado anterior.

Así las cosas, el Decreto 610 de 1998 estuvo vigente desde su expedición, por lo que la actora adquirió el derecho a recibir una remuneración mensual equivalente al 80% de lo que por todo concepto recibían los magistrados de las Altas Cortes. 16. Señaló que al haberse retirado en el año 2023 de la entidad, la liquidación total y definitiva de todos los salarios y prestaciones sociales, incluidos los aportes a la seguridad social que garantizan que su pensión se liquide con base en lo legalmente devengado y cotizado durante la relación laboral, no puede haber prescrito, «pues al momento de presentar la petición para que le fueran cancelados todos los salarios y demás emolumentos de conformidad con la Ley por el retiro del servicio, no habían transcurrido tres años contados desde el momento en el cual se hizo exigible su liquidación». 17.

La sentencia de unificación del 18 de mayo de 2016 no fijó ninguna regla respecto de la prescripción del derecho a percibir la bonificación por compensación de que trata el Decreto 610 de 1998 antes de la expedición del Decreto 4040 de 2004, es decir, antes de la coexistencia de las dos normas, lo que no permitía que el derecho fuera exigible porque «no se podía establecer con exactitud cuál de los regímenes era el aplicable».

Parte demandada 5 Índice 54 gestión en otros despachos de SAMAI. Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 5 18. La entidad demandada presentó recurso de apelación6, el cual sustentó en que la bonificación reconocida en vigencia del Decreto 4040 de 2004, resulta incompatible con la bonificación por compensación creada en el Decreto 610 de 1998.

Igualmente, las sentencias de simple nulidad proferidas por el Consejo de Estado no tienen efectos retroactivos, sino por el contrario ex nunc, por lo que con la nulidad del mencionado Decreto 4040, no resulta procedente acceder al reconocimiento solicitado, cuando en vigencia de éste fue legalmente reconocida la bonificación por gestión judicial. 19.

Por lo tanto, se tiene que la norma vigente para el periodo reclamado por la demandante es el Decreto 4040 de 2004, que consiste en ajustar sus ingresos mensuales en un valor equivalente al 70% de lo que devengan por todo concepto los magistrados de las Altas Cortes. Trámite correspondiente a la segunda instancia. 20. Por auto del 8 de agosto de 20257, se admitieron los recursos de apelación, y se ordenó correr traslado a las partes y al agente del Ministerio Público para que presentaran sus alegatos de conclusión. 21.

En esta oportunidad las partes y el Ministerio Público guardaron silencio. 22. Control de legalidad. La Sala observa que el proceso se ha tramitado en legal forma, sin que se advierta causal de nulidad que invalide lo actuado, por lo que se resolverá la apelación, previas las siguientes: II. CONSIDERACIONES Competencia. 23. De conformidad con lo establecido en el artículo 150 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo8, esta Sala de Subsección del Consejo de Estado es competente para resolver los recursos de apelación presentados.

Problemas jurídicos. 6 Índice 53 gestión en otros despachos de SAMAI 7 Índice 5 de SAMAI. 8 «El Consejo de Estado, en Sala de lo Contencioso Administrativo conocerá en segunda instancia de las apelaciones de las sentencias dictadas en primera instancia por los tribunales administrativos […]». Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 6 24.

Le corresponde a la Sala establecer ¿si la señora Martha Lucia Mejía Duque tiene derecho al pago de la diferencia entre el valor reconocido por la demandada y el valor que resultaría de reconocerle la bonificación por compensación consagrada en el Decreto 610 de 1998, equivalente al 80% de lo que por todo concepto devenguen los magistrados de las Altas Cortes, en la forma ordenada en la sentencia de primera instancia, o si por el contrario se debe mantener el porcentaje reconocido con fundamento en el Decreto 4040 de 2004? 25.

Igualmente, si en el presente caso operó la prescripción de los periodos solicitados en la demanda, y si dicho fenómeno cobija los aportes a pensión de las diferencias reconocidas y ordenadas por el a quo. 26. Para resolver los problemas planteados se abordarán los siguientes aspectos: 1. La bonificación por compensación y el precedente jurisprudencial, 2.

Hechos probados y 3. Caso concreto. De la bonificación por compensación. 27. El Congreso de la República expidió la Ley 4ª de 19929, la cual en el artículo 15 estableció una prima especial de servicios, sin carácter salarial, para los magistrados de Alta Corte, que sumada a los demás ingresos laborales, igualen a los percibidos en su totalidad, por los miembros del Congreso, sin que en ningún caso los supere, es decir, se equiparó el salario de los magistrados de las Altas Cortes al de los congresistas. 28.

En el año 1998, el Gobierno Nacional expidió el Decreto 610 y en su artículo 1 creó la bonificación por compensación, equivalente al 60%, 70% y 80% para las vigencias fiscales 1999, 2000 y 2001 en adelante; en otros términos, se creó una bonificación por compensación, equivalente al 60% de lo que por todo concepto devenguen los magistrados de las Altas Cortes para el año 1999, el 70% para el año 2000 y del año 2001 en adelante el 80%. 29.

Así que, el valor que se cancela por bonificación por compensación es el resultado de tener en cuenta los ingresos anuales que «por todo concepto» reciban los magistrados de Alta Corte, para así poder fijar los ingresos anuales del magistrado de tribunal y demás cargos equivalentes, en un 80% a partir del año 2001. 9 «Mediante la cual se señalan las normas, objetivos y criterios que debe observar el Gobierno Nacional para la fijación del régimen salarial y prestacional de los empleados públicos, de los miembros del Congreso Nacional y de la Fuerza Pública y para la fijación de las prestaciones sociales de los Trabajadores Oficiales y se dictan otras disposiciones, de conformidad con lo establecido en el artículo 150, numeral 19, literales e) y f) de la Constitución Política».

Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 7 30. En distintas providencias10, ha precisado esta Corporación con fundamento en el marco normativo reseñado que los beneficiarios de la bonificación por compensación tienen derecho al 80% de los ingresos que por todo concepto salarial y prestacional devengan los magistrados de Alta Corte, teniendo en cuenta que éstos deben percibir lo mismo que devengan los congresistas incluyendo el auxilio de cesantías como parámetro para determinar la liquidación de la prima especial de servicios de que trata el artículo 15 de la Ley 4 de 1992. 31.

Por otro lado, la exigibilidad del derecho para reclamar el reconocimiento de la bonificación por compensación regulada en el Decreto 610 de 1998 se dio en dos tiempos diferentes, con la ejecutoria de la sentencia que declaró la nulidad del Decreto 2668 (originado durante los períodos comprendidos entre el 5 de octubre de 2001 y el 2 de diciembre de 2004, periodo en el cual no hubo dualidad de normas) y con la ejecutoria de la sentencia que declaró la nulidad del Decreto 4040 (3 de diciembre de 2004 y el 27 de enero de 2012 solamente se hicieron exigibles a partir del 28 de enero de 2012), y ese momento de exigibilidad debe analizarse en cada caso concreto11.

Sirve para ilustrar lo dicho el siguiente esquema: Hechos probados. 32. Acreditado está en el expediente, que la actora prestó sus servicios a la Fiscalía General de la Nación, en el cargo de fiscal delegado ante Tribunal de Distrito Judicial de Armenia desde el 1 de septiembre de 2003 sin que reporte retiro del servicio12. 10 Sentencia proferida el 18 de mayo de 2016 por la Sala de Conjueces – Sección Segunda del Consejo de Estado, Rad. 250002325000201000246-02, Demandante: Jorge Luis Quiroz Alemán. Conjuez Ponente Doctor Jorge Iván Acuña Arrieta.

Consejo de Estado- Sala de lo Contencioso Administrativo Sección Segunda- Sala de Conjueces, conjuez ponente: Clara Elisa Cifuentes Ortiz Bogotá, sentencia tres (03) de diciembre de dos mil veinticuatro (2024). Referencia: 25000234200020180071602 Número interno: 0499- 2022; Consejo de Estado- Sala de lo Contencioso Administrativo-Sección Segunda- Sala de Conjueces, conjuez ponente: Miguel Arcángel Villalobos Chavarro sentencia ocho (8) de octubre de dos mil veinticuatro (2024) Referencia: Expediente N° 17001-23-33-000-2012-00115-02 Número interno: 4006-2015;

Consejo de Estado- Sala de lo Contencioso Administrativo- Sección Segunda- Sala de Conjueces- conjuez ponente: Jorge Edisson Portocarrero Banguera- sentencia seis (06) de junio de dos mil veintitrés (2023), Referencia: 25000-23-25-000-2011-00150-02- NI:1139-2019; entre otros. 11 Consejo de Estado, Sección Segunda, Sala Plena de Conjueces, expediente N° 41001-23-33-000-2016- 00041-02 (número interno 2204-2018), del 2 de septiembre de 2019. 12 Folio 29 y 123-124 del expediente.

Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 8 33. Que percibió como remuneración el 70% de lo que devengan los magistrados de las Altas Cortes, con base en la bonificación por gestión judicial consagrada en el Decreto 4040 de 2004, desde su vinculación hasta enero de 201213. 34.

Que el día 19 de septiembre de 201414, reiterada mediante escrito del 21 de octubre de 201415 realizó petición a la entidad demandada, solicitando el reajuste de la bonificación por compensación, la cual fue negada mediante el acto administrativo demandado. Caso concreto 35. A la luz de la argumentación arriba expuesta, la Sala advierte que a la demandante, en su calidad de fiscal delegado ante Tribunal Superior de Distrito, le asiste el derecho al reconocimiento y pago de la bonificación por compensación consagrada en el Decreto 610 de 1998, es decir, al 80% de lo que por todo concepto recibe un magistrado de Alta Corte, teniendo en cuenta que éstos deben percibir lo mismo que devengan los congresistas, tal y como fue ordenado por el a quo. 36.

Toda vez, que conforme a lo señalado en precedencia el valor que se cancela por bonificación por compensación es el resultado de la diferencia entre lo proyectado como ingresos anuales que “por todo concepto” reciban los magistrados de Alta Corte y los ingresos anuales de magistrado de Tribunal y demás cargos equivalentes, para fijar el ingreso laboral de éstos últimos en un 80%. 37.

Por lo que no le asiste razón a la entidad apelante cuando afirma que su actuación estuvo acorde con el principio de legalidad, en tanto la nulidad del Decreto 4040 de 2004, hizo exigible la bonificación por compensación prevista en el Decreto 610 de 1998, que contempla la misma en un 80%. Lo anterior, por cuanto la nulidad decretada tuvo efectos ex tunc, vale decir, desde entonces, dejando la situación jurídica en el estado en que se encontraba antes de la expedición del precepto declarado nulo. 38.

Igualmente, es del caso señalar que al haberse declarado la nulidad del Decreto 4040 de 2004 mediante sentencia proferida el 14 de diciembre de 201116, 13 Folios 129-133 del expediente. - Se desprende de las certificaciones salariales obrantes en el proceso que el tiempo posterior a enero de 2012 devengó la bonificación por compensación. Sin embargo, se resalta que la reclamación objeto de demanda solo comprende los tiempos relacionados desde el 1 de septiembre de 2003 al 27 de enero de 2012. 14 Folios 31-32 del expediente. 15 Folios 34-35 del expediente. 16 Consejo de Estado, Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Segunda, Sala de Conjueces.

Sentencia del 14 de diciembre de 2011, Rad. No. 11001-03-25-000-2005-00244-01(10067-05). C.P. Carlos Arturo Orjuela Góngora. Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 9 se reconoció la plena vigencia del Decreto 610 de 1998, en virtud de la cual todos los funcionarios contemplados en dicho precepto adquirieron el derecho a percibir una bonificación por compensación que equiparara sus ingresos laborales al 80%, y no al 70%, de lo devengado por todo concepto por los magistrados de las Altas Cortes.

Así mismo, se precisa que si bien conforme lo estableció el Decreto 4040 de 2004, la bonificación por gestión judicial es incompatible con la bonificación por compensación, lo cierto es que al reajustar dicho emolumento bajo los parámetros antes indicados procede el reconocimiento de la diferencia del 10%, por lo que no le asiste razón a la entidad demandada. 39.Por otro lado, la parte demandante señala que en el presente caso no operó la prescripción trienal. 40.

Sobre el particular, advierte la Sala en primer lugar que al haberse declarado la nulidad del Decreto 4040 de 2004 mediante sentencia proferida el 14 de diciembre de 201117, la exigibilidad de la bonificación por compensación tiene lugar a partir de la fecha de ejecutoria de dicho fallo, es decir el 28 de enero de 2012, para las diferencias reclamadas con posterioridad al 3 de diciembre de 2004. 41.

En segundo lugar, frente a los periodos anteriores a la mencionada fecha, se encuentra que la declaratoria de nulidad18 del Decreto 2668 de 199819, retrotrajo la situación normativa al estado anterior, es decir, que los Decretos 610 y 1239 de 1998 recobraron su vigencia- por lo que no se presentó dualidad de normas-. Por lo tanto, es a partir de allí -desde la ejecutoria de la mencionada sentencia de nulidad- que los beneficiarios de la bonificación por compensación estaban facultados para solicitar su reconocimiento y hasta tres (3) años después, es decir, hasta el 5 de octubre de 2004, so pena, de aplicar la prescripción trienal de que trata el Decreto 3135 de 1968, reglamentado por el Decreto 1848 de 1969. 42.

Al respecto, cabe recordar que en sentencia de 23 de mayo de 201820, se realizó las siguientes precisiones sobre la prescripción trienal y sus excepciones: «Sobre este punto, esta Sala de Conjueces precisa que si bien a través de estas sentencias se declaró que con la ejecutoria de la sentencia que declaró de nulidad del Decreto 4040 de 2004, se hizo exigible el derecho al reconocimiento y pago de la diferencia en el porcentaje que 17 Consejo de Estado, Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Segunda, Sala de Conjueces.

Sentencia del 14 de diciembre de 2011, Rad. No. 11001-03-25-000-2005-00244-01(10067-05). C.P. Carlos Arturo Orjuela Góngora. 18 Sentencia de la Sala de conjueces de la Sección Segunda del Consejo de Estado, proferida el 25 de septiembre de 2001. 19 Norma que había derogado los Decretos 610 y 1239 de 1998 20 Conjuez Ponente: Dr. Pedro Simón Vargas Sáenz.

Exp. No.170012333000201200144 92 (0602-2015). Actor: María Rubby Montoya de Uribe. Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 10 contempla el Decreto 610 de 1998 y el 4040 de 2004, y que por tal razón no se aplicaría la prescripción, lo cierto es que entre el período comprendido entre la ejecutoria de la sentencia que anuló el Decreto 2668 de 1998 y la fecha de expedición del Decreto 4040 de 2004, si procede decretarla, pues en este lapso no hubo dualidad de normas y por lo tanto, los beneficiarios de que trata el artículo 2º del Decreto 610 de 1998 tenían la oportunidad de demandar el reconocimiento y pago del 80% de lo que devengaban los magistrados de las altas cortes; salvo que se encontraran en una de las dos situaciones descritas en el numeral 2º del Decreto 4040 de 2004, que son: i) haber iniciado acciones judiciales relacionadas con la bonificación por compensación y haber desistido a sus pretensiones y ii) haber efectuado reclamaciones y suscribir contratos de transacción.».

(Se subraya y negrillas fuera de texto). 43. Igualmente, la Sala de conjueces de la Sección Segunda del Consejo de Estado, mediante sentencia de 2 de septiembre de 2019, consideró sobre la prescripción de la bonificación por compensación, lo siguiente: «7. Procede la prescripción de la bonificación por compensación entre el 5 de septiembre21 de 2001 y el 2 de diciembre de 2004.

Lo anterior es la regla general. Esta regla tiene una excepción que consiste en que si la persona logra demostrar en el expediente, con pruebas (sic) documental, que antes del 3 de diciembre de 2004 había interrumpido la prescripción conforme a la ley. En este caso la prescripción va más allá del 4 de diciembre de 2004 y se retrotraería hasta la fecha de presentación de esa interrupción, fecha entonces que debe ser posterior al 25 de septiembre de 2001 y anterior al 3 de diciembre de 2004.

Esta excepción, como toda excepción, es de aplicación restrictiva. 44. Ahora bien, con relación al periodo solicitado en la demanda del 1 de septiembre de 2003 al 2 de diciembre de 2004, se advierte que frente a este operó la prescripción trienal, pues no obra prueba dentro del expediente que dé cuenta de la ocurrencia de alguna de las excepciones antes señaladas o que hubiere interrumpido la prescripción antes del 3 de diciembre de 2004. 45.

En consecuencia, la demandante tiene derecho a que se le pague la diferencia entre lo efectivamente recibido y lo dejado de percibir, desde el día 3 de diciembre de 2004, fecha para la cual ya ostentaba el cargo de fiscal delegado ante Tribunal, y en la cual no corría la prescripción trienal por la ausencia de exigibilidad del derecho22, hasta el 27 de enero de 2012 (conforme 21 Mediante Auto del 7 de octubre de 2019 se aclaró que se refiere es al mes de octubre de 2001. 22 Si bien es cierto que a través de la ejecutoria de la sentencia que declaró la nulidad del Decreto 4040 de 2004, se hizo exigible el derecho al reconocimiento y pago de la diferencia en el porcentaje que contempla el Decreto 610 de 1998; a partir de la ejecutoria de la sentencia que declaró la nulidad del Decreto 4040 (3 de diciembre de 2004 y el 27 de enero de 2012 solamente se hicieron exigibles a partir del 28 de enero de 2012).

Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 11 fue solicitado en las pretensiones de la demanda). En consecuencia, no le asiste razón a la parte actora. 46. Ahora bien, la cotización a pensión está íntimamente relacionada con el restablecimiento del derecho, por lo que, al ordenar el reajuste de dicho emolumento, es deber de la entidad deducir de la condena el pago de los aportes que corresponden al empleado y para efectos pensionales aportar lo que corresponde al empleador, por tratarse de un derecho cierto, irrenunciable e imprescriptible. 47.

Lo anterior, por cuanto el propio legislador contempló frente a la bonificación por compensación su incidencia como factor de liquidación pensional y conforme lo dispone el artículo 17 de la Ley 100 de 199323 es obligatorio realizar las respectivas cotizaciones al fondo de pensiones en el que hubiere estado afiliada la demandante (del 1 de septiembre de 2003 al 27 de enero de 2012, no solo por la naturaleza parafiscal de las mismas sino por la sostenibilidad del sistema24, por lo que en este aspecto si le asiste razón a la parte demandante.

En consecuencia, se ordenará adicionar a la sentencia las anteriores precisiones. 48. De conformidad con lo anterior, se procederá a modificar y adicionar la sentencia de primera instancia respecto a que la prescripción no opera frente a los aportes a pensión y que estos se deben efectuar por todo el tiempo solicitado. Condena en costas. 49.

La modificación del artículo 188 del CPACA, efectuada por el artículo 47 de la Ley 2080 de 2021, derivó en diversos entendimientos por parte de esta corporación frente a la procedencia de la condena en costas. A pesar de lo anterior, de una lectura armónica y útil de la norma se colige que la aludida reforma de ninguna manera significó un apartamiento o alteración del criterio objetivo que gobierna esta materia. 50.La pretensión del legislador, con la reforma introducida por la Ley 2080 de 2021, fue instar la condena en costas cuando la demanda carezca manifiestamente de fundamento legal, respecto de asuntos donde se ventile un interés público; creando así una excepción a la regla general, según la cual no procede dicha imposición en este tipo de procesos.

Ahora bien, tratándose de los 23 ARTÍCULO 17. Obligatoriedad de las Cotizaciones. Durante la vigencia de la relación laboral deberán efectuarse cotizaciones obligatorias a los Regímenes del Sistema General de Pensiones por parte de los afiliados y empleadores, con base en el salario que aquéllos devenguen. 24 Ver sentencia del Consejo de Estado- Sala de lo Contencioso Administrativo.

Sala de conjueces de la Sección Segunda- providencia del 4 de julio de 2024, conjuez ponente: Clara Elisa Cifuentes Ortíz, radicación: 25000-23-42-0002017-05349-02 (2828-2021). Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 12 demás asuntos, como es el caso de los trámites de nulidad y restablecimiento del derecho, lo dispuesto en el artículo 188 del CPACA se mantiene incólume; en ese sentido la sentencia dispondrá sobre la condena en costas sobre la parte vencida en el proceso. 51.

En tal virtud, la eventual condena se impondrá a la parte vencida; la liquidación y ejecución se regirá conforme al artículo 366 del CGPP teniendo en cuenta la remisión contenida en el primer inciso del artículo 188 del CPACA. 52. En este contexto, en el caso concreto no procede la condena en costas, toda vez que las peticiones de los recursos de apelación, solo está siendo concedida una de estas y de forma parcial, por manera que no puede predicarse que alguna de las partes haya sido vencida en el proceso.

En consecuencia, se prescindirá de la condena en costas en esta instancia. 53. En mérito de lo expuesto, el Consejo de Estado, Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Segunda, Subsección A, administrando justicia en nombre de la República de Colombia y por autoridad de la ley, III. FALLA PRIMERO. MODIFICAR parcialmente el numeral primero de la sentencia impugnada, en el sentido de precisar que la excepción de prescripción no opera respecto de la obligación de la demandada de efectuar las cotizaciones o aportes al Sistema General de Seguridad Social en materia de pensiones, por las razones expuestas en el presente proveído.

SEGUNDO. ADICIONAR el numeral segundo de la sentencia impugnada, en el sentido de indicar que los descuentos de ley para seguridad social en pensiones se deberán realizar desde el 1 de septiembre de 2003 hasta el 27 de enero de 2012, conforme a la proporción que le corresponda a la empleada y al empleador de acuerdo con los porcentajes de ley, respecto de las diferencias no cotizadas, los cuales deberán consignarse en el fondo de pensiones donde hubiere estado afilada.

QUINTO. CONFIRMAR en lo demás la sentencia del 25 de julio de 2024, proferida por el Tribunal Administrativo de Antioquia- Sala Transitoria, que accedió a las pretensiones de la demanda presentada por Martha Lucía Mejía Duque en contra de la Nación –Fiscalía General de la Nación, por las razones y con las precisiones expuestas en la parte motiva de esta sentencia. SEXTO.- Sin condena en costas en segunda instancia, de conformidad con lo Radicado: 05001-23-33-000-2015-00868-02 Demandante: Martha Lucía Mejía Duque Calle 12 No. 7-65 – Tel: (57-1) 350-6700 – Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 13 expuesto en la parte considerativa de esta providencia.

SÉPTIMO. Efectuar las anotaciones correspondientes en la Sede Electrónica para la Gestión Judicial del Consejo de Estado – “SAMAI”, y ejecutoriada esta providencia devolver el expediente al Tribunal de origen.

NOTIFÍQUESE Y CÚMPLASE La anterior decisión fue estudiada y aprobada por la Sala en sesión de la fecha. LUIS EDUARDO MESA NIEVES Consejero de Estado (Firmado electrónicamente) JORGE IVÁN DUQUE GUTIÉRREZ Consejero de Estado (Firmado electrónicamente) ACLARA VOTO JUAN CAMILO MORALES TRUJILLO Consejero de Estado (Firmado electrónicamente) CONSTANCIA: La presente providencia fue firmada electrónicamente por los consejeros de Estado, en la sede electrónica para la gestión judicial SAMAI.

En consecuencia, se garantiza la autenticidad, integridad, conservación y posterior consulta, de conformidad con la ley y el artículo 186 del CPACA.