Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co CONSEJO DE ESTADO SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO SECCIÓN SEGUNDA, SUBSECCIÓN A CONSEJERO PONENTE: JORGE IVÁN DUQUE GUTIÉRREZ Bogotá, D.C., cuatro (4) de septiembre dos mil veinticinco (2025) Referencia: NULIDAD Y RESTABLECIMIENTO DEL DERECHO Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) Demandante: Yuly Sáenz Berdugo Demandado: Nación, Rama Judicial, Dirección Ejecutiva de Administración Judicial Tema: Prima especial.

Prescripción. MODIFICA SENTENCIA SENTENCIA DE SEGUNDA INSTANCIA Procede la Sala a decidir el recurso de apelación interpuesto tanto por la parte demandante como demandada contra la sentencia proferida el 15 de noviembre de 2019 por el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria, por medio de la cual se accedió parcialmente a las pretensiones.

ANTECEDENTES La señora Yuly Sáenz Berdugo interpuso demanda en contra de la Nación, Rama Judicial, Dirección Ejecutiva de Administración Judicial, en ejercicio del medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho consagrado en el artículo 138 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo (CPACA), con el fin de que se acceda a las siguientes: PRETENSIONES Que se declare la nulidad de la Resolución 600 del 8 de febrero de 2016, a través de la cual la Rama Judicial, Dirección Ejecutiva de Administración Judicial, negó la reliquidación y pago de las diferencias debidas por concepto de salarios y prestaciones sociales, en virtud de la prima especial prevista en el artículo 14 de la Ley 4ª de 1992, y, del acto ficto producto del silencio administrativo negativo en el que incurrió la entidad frente al recurso de apelación interpuesto en contra del referido acto.

Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 2 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) Que se condene a la demandada a reliquidar y pagar las diferencias prestacionales devengadas desde su vinculación como juez de la República y hasta la fecha, teniendo en cuenta el 100% de la asignación básica, con inclusión del 30% que hasta ahora se ha tenido a título de prima especial.

Así como a reconocer la prima especial «como factor salarial». Que se reconozcan los efectos pensionales de los tiempos reclamados, se reajusten las sumas reconocidas, se paguen los intereses moratorios y se condene en costas.

HECHOS La demanda se fundamentó en los hechos que se resumen de la siguiente manera: Que ha prestado sus servicios en la Rama Judicial, en calidad de juez de la República desde el 17 de mayo de 2004 hasta la fecha. Que el 15 de diciembre de 2015 solicitó a la demandada reconocer, reliquidar y pagar las diferencias debidas por concepto de prestaciones sociales, teniendo en cuenta la prima especial prevista en el artículo 14 de la Ley 4ª de 1992, y las disposiciones contenidas en la sentencia del 29 de abril de 2014 expedida por el Consejo de Estado, petición que fue negada a través de los actos administrativos demandados.

NORMAS VIOLADAS Y CONCEPTO DE VIOLACIÓN Como normas violadas se citaron los artículos 1, 2, 5, 12, 13, 25, 48, 53, 58 y 209 de la Constitución Política; 2 y 14 de la Ley 4ª de 1992 y 152 de la Ley 270 de 1996. Que los actos demandados fueron expedidos con desconocimiento de la Constitución y la Ley, porque la entidad interpretó de forma errónea los decretos anuales, a través de los cuales se reguló el reconocimiento de la prima especial correspondiente al 30% del salario, pues la tuvo en cuenta como parte integrante de este y no un aumento del mismo, con lo que generó una disminución en la asignación básica y las prestaciones sociales de sus beneficiarios.

En ese mismo sentido, indicó que se inobservó la definición de prima desarrollada por el Consejo de Estado. Para el efecto, citó las decisiones del 2 de abril de 20091 y 29 de abril de 20142 emitidas por dicha corporación. 1 Radicado: 11001-03-25-000-2007-00098-00 2 Radicado: 11001-03-25-000-2007-00087-00 Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 3 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) TRÁMITE EN PRIMERA INSTANCIA La demanda fue admitida el 23 de abril de 2019 y notificada la demandada3 se opuso a las pretensiones, bajo el argumento de que los actos demandados fueron proferidos de conformidad con la Constitución y la Ley.

Indicó que en la Rama Judicial coexisten dos regímenes salariales, a saber, ordinario o no acogidos y especial o acogidos, encontrándose la demandante amparada por este último. Que la prima especial prevista en el artículo 14 de la Ley 4ª de 1992 carece de carácter salarial, salvo para pensión. Que si bien en sentencia del 29 de abril de 20144 el Consejo de Estado declaró la nulidad de los decretos proferidos entre 1993 a 2007, lo cierto es que nada dijo sobre aquellos que se expidieron entre el 2008 y el 2014, de manera que la entidad estaba en la obligación de darles cumplimento so pena de desconocer la normativa salarial vigente para los servidores de la rama judicial.

Que el Ministerio de Hacienda y Crédito Público no ha asignado recursos del presupuesto para cancelar los mayores valores que se generarían en las asignaciones de los funcionarios y servidores judiciales por reconocimiento y conciliaciones relacionadas con la reliquidación de las prestaciones sociales y acreencias laborales de los jueces con 100% de la asignación básica más la prima especial adicional del 30%, sin carácter salarial.

Actuar sin el respaldo presupuestal desconocería las disposiciones contenidas en el artículo 71 del Decreto 111 de 1996. Propuso las excepciones la integración del litisconsorcio necesario, ausencia de causa petendi, prescripción e innominada. SENTENCIA OBJETO DE IMPUGNACIÓN El Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria5, mediante sentencia del 15 de noviembre de 2019, adicionada el 30 de abril de 2020, accedió parcialmente a las pretensiones, porque la prima especial prevista en el artículo 14 de la Ley 4ª de 1992 debe ser entendida como un incremento y no una disminución de la remuneración básica de los servidores beneficiarios de aquella.

Como fundamento citó las decisiones del 29 de abril de 2014 y 2 de septiembre de 2019 proferidas por el Consejo de Estado. De ahí que concluyó que la demandante tiene derecho a que le paguen «[…] retroactivamente la diferencia existente entre lo percibido y lo que debió devengar por 3 Folios 82 a 94. 4 Radicado: 11001032500020070008700 5 Folios 133 a 139 y 154 a 156.

Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 4 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) concepto de ingresos mensuales, sobre la base del salario básico más el 30% de acuerdo a la prima especial de servicios, y de las prestaciones sociales liquidadas sobre la base de todo el salario básico […] desde el 15 de diciembre de 2012 y hasta tanto funja o haya fungido como Juez de la República […]».

Precisó que la entidad debe verificar que no se superen los topes de ley y efectuar los ajustes correspondientes al Sistema de General de Seguridad Social en pensiones. Declaró probada parcialmente la excepción de prescripción RECURSO DE APELACIÓN Parte demandante6 interpuso recurso de apelación bajo el argumento de que en el caso concreto no operó la prescripción trienal, dado que el derecho se hizo exigible con la ejecutoria de la sentencia del 29 de abril de 2014 proferida por el Consejo de Estado.

Parte demandada7 interpuso recurso de apelación en el que pidió verificar la prescripción, pues, en su criterio, solo habrá lugar a reconocer los tres años anteriores a la fecha de presentación de la reclamación. TRÁMITE DE SEGUNDA INSTANCIA8 El 19 de enero de 2022 se admitió el recurso de apelación de la parte demandada y el 31 de enero de 2023 se corrió traslado por 10 días para la presentación de los alegatos de conclusión, posteriormente se corrió el mismo término para que el Ministerio Público presentara concepto.

Una vez remitido el asunto al despacho sustanciador, a través de auto del 27 de junio de 2025 se avocó conocimiento y admitió el recurso de apelación de la parte demandante, en aplicación de las medidas de saneamiento previstas en los artículos 207 del CPACA y 42 del CGP. La demandante9 reafirmó los argumentos expuestos en las demás etapas procesales e indicó, que, contrario a lo expuesto por la entidad en el presente caso no operó el fenómeno de prescripción. La parte demandada guardó silencio y el agente del Ministerio Público no emitió concepto. 6 Folios 143 a 148. 7 Folios 149 a 151. 8 Se advierte que, aunque el Dr. Juan Camilo Morales Trujillo, durante el lapso en que ejerció labores como conjuez, aceptó el impedimento alegado por los antiguos integrantes de la Subsección B, esta no constituye una actuación en instancia anterior y, en consecuencia, no se enmarca en las causales de impedimento previstas en la ley. 9 Folios 244 vuelto a 248.

Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 5 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) CONSIDERACIONES Cuestión previa Mediante escrito del 26 de agosto de 2025, el consejero de Estado Luis Eduardo Mesa Nieves manifestó impedimento para conocer del asunto de la referencia con fundamento en las causales previstas en los numerales 1 y 14, del artículo 141 del CGP.

Indicó que tiene en curso una demanda de nulidad y restablecimiento del derecho, la cual se tramita en el Tribunal Administrativo de Córdoba bajo el radicado: 23 001 33 33 002 2021 00212 01, en la que se debate el reconocimiento de la prima especial. El régimen de impedimentos busca garantizar la imparcialidad e independencia en las decisiones adoptadas por las autoridades judiciales.

En esa medida, a través de esta figura pretende evitarse que existan situaciones de hecho que puedan comprometer el criterio que asuman aquellas en las providencias que profieran dentro de los asuntos asignados para su conocimiento. Siendo así, cuando un funcionario judicial advierta que se encuentra impedido, deberá manifestarlo, con el fin de salvaguardar los principios que rigen la debida administración de justicia. De acuerdo con las anteriores precisiones, la Sala declarará fundado el impedimento presentado, por cuanto las razones expuestas se adecuan a las causales invocadas.

Asunto a resolver El problema jurídico, según los recursos de apelación interpuestos, se contrae a determinar si operó la prescripción en el caso concreto. De la prescripción En lo que se refiere a la prescripción, se advierte que esta corporación ha sostenido, de forma pacífica10, que el hecho constitutivo del derecho a la prima especial que se reclama se hizo exigible con la entrada en vigor del decreto que reglamentó primigeniamente la Ley 4ª de 1992, a saber, a partir del 7 de enero de 1993, fecha de entrada en vigencia del Decreto 57 de 1993.

En consecuencia, desde el 7 de 10 Para el efecto pueden consultarse: Consejo de Estado, Sección Segunda. Sala de Conjueces. Sentencia del 6 de junio de 2023. Radicación: 25000- 23-25-000-2010-00700-02 (0735-2019). CP: Juan Camilo Morales Trujillo Consejo de Estado, Sección Segunda. Sala de Conjueces. Sentencia 8 de octubre de 2024. Radicación: 25000234200020170478802 (1135-2023).

CP: Nubia González Cerón. Consejo de Estado, Sección Segunda. Sala de Conjueces. Sentencia del 3 de diciembre de 2024. Radicación: 170012333000201600137 02 (0322-2021) CP: Jorge Iván Acuña Arrieta. Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 6 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) enero de 1993 el interesado podía haber interrumpido la prescripción trienal.

Es decir, que no fue con la ejecutoria de la sentencia del 29 de abril de 2014 que surgió el derecho a interrumpir la prescripción, dada su naturaleza declarativa. Así las cosas, la demandante tiene derecho a que se le pague la diferencia entre lo efectivamente recibido y lo dejado de percibir, desde el día 15 de diciembre de 2012, o sea tres años atrás de la fecha en que solicitó el reajuste de sus prestaciones sociales y salariales, debido a la prescripción trienal.

Y desde ese día en adelante11, porque la petición fue radicada ante la administración el 15 de diciembre de 2015, tal como acertadamente lo expuso el Tribunal. Sin embargo, dicho fenómeno no operará en lo que se refiere a la obligación de la demandada de realizar, en favor de la accionante, las cotizaciones o aportes al Sistema General de Seguridad Social en materia de pensiones, durante el lapso reclamado, por tratarse de un derecho cierto, irrenunciable e imprescriptible que se reconoce en cabeza del servidor público que presta sus servicios laborales al Estado12, utilizando como ingreso base de cotización el 100% de su remuneración. Así como tampoco respecto de las diferencias de cesantías causadas durante el lapso comprendido desde el 17 de mayo de 200413 y en adelante, tal como se expuso en la sentencia de unificación del 25 de agosto de 201614, según la cual este derecho no prescribe mientras la relación laboral esté vigente, como ocurre en el presente asunto.

En estos términos, la Sala modificará los numerales segundo y cuarto de la sentencia apelada, en el sentido de indicar que el pago de las diferencias por concepto de cesantías y pensión se ordenará a partir del 17 de mayo de 2004 y en adelante mientras permanezca en el cargo. De la condena en costas en segunda instancia. La modificación del artículo 188 del CPACA, efectuada por el artículo 47 de la Ley 2080 de 2021, derivó en diversos entendimientos por parte de esta corporación frente a la procedencia de la condena en costas.

A pesar de lo anterior, de una lectura armónica y útil de la norma se colige que la aludida reforma de ninguna manera significó un apartamiento o alteración del criterio objetivo que gobierna esta materia. 11 Dentro del proceso no se encuentra demostrado que se hubiere desvinculado del servicio. 12 Consejo de Estado, Sección Segunda, sentencia del 25 de agosto de 2016.

Radicación: 23001-23-33-000- 2013-00260-01 (0088-15) CE-SUJ2-005-16. MP: Carmelo Perdomo Cuéter. 13 Fecha a partir de la cual ocupó el cargo de juez según consta en la certificación DESAJBOTHO19-3698 del 5 de septiembre de 2019 emitida por la coordinadora de Talento Humano de la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial de Bogotá, obrante a folio 103. 14 Consejo de Estado, Sección Segunda, sentencia del 25 de agosto de 2016.

Radicación: 08001-23-31-000- 2011-00628-01 (0528-14) CE-SUJ2-004-16. MP: Luis Rafael Vergara Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 7 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) La pretensión del legislador, con la reforma introducida por la Ley 2080 de 2021, fue instar la condena en costas cuando la demanda carezca manifiestamente de fundamento legal, respecto de asuntos donde se ventile un interés público; creando así una excepción a la regla general, según la cual no procede dicha imposición en este tipo de procesos.

Ahora bien, tratándose de los demás asuntos, como es el caso de los trámites de nulidad y restablecimiento del derecho, lo dispuesto en el artículo 188 del CPACA se mantiene incólume; en ese sentido la sentencia dispondrá sobre la condena en costas sobre la parte vencida en el proceso. En tal virtud, la eventual condena se impondrá a la parte vencida; la liquidación y ejecución se regirá conforme al artículo 366 del CGP teniendo en cuenta la remisión contenida en el primer inciso del artículo 188 del CPACA.

En consecuencia, se impondrán costas a la demandada, por cuanto se niegan totalmente las peticiones del recurso de apelación. Para el efecto, de conformidad con el artículo 366 del CGP, las agencias en derecho serán fijadas por el magistrado ponente de la primera instancia y las expensas serán liquidadas por la secretaría del Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria.

En mérito de lo expuesto, el Consejo de Estado, Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Segunda, Subsección A, administrando justicia en nombre de la República de Colombia y por autoridad de la ley, FALLA Primero: DECLARAR FUNDADO el impedimento que manifestó el consejero Luis Eduardo Mesa Nieves, de conformidad con lo expuesto en la parte motiva.

Segundo: MODIFICAR el numeral segundo de la sentencia del 15 de noviembre de 2019 proferida por el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria, en el sentido de declarar probada parcialmente la excepción de prescripción en los siguientes términos: «DECLARAR probada parcialmente la PRESCRIPCIÓN de las sumas causadas con anterioridad al 15 de diciembre de 2012, de conformidad con los Decretos 3135 de 1968 y 1848 de 1969 en armonía con la jurisprudencia desarrollada sobre el asunto, con excepción de la obligación de la demandada de pagar las diferencias por concepto de cesantías y de efectuar las cotizaciones o aportes al Sistema General de Seguridad Social en materia de pensiones, utilizando como ingreso base de cotización el 100% de su remuneración, desde el 17 de mayo de 2004 y en adelante.

Tercero: MODIFICAR y ADICIONAR el numeral cuarto de la sentencia del 15 de noviembre de 2019 proferida por el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria, en el sentido de, disponer: Calle 12 No. 7 – 65 – Tel: +57 (601) 350-6700 Bogotá D.C. – Colombia www.consejodeestado.gov.co 8 Radicación: 25000-23-42-000-2016-05094-02 (0969-2021) «CONDENAR a la NACIÓN – RAMA JUDICIAL a RECONOCER y PAGAR en favor de la señora YULY SÁENZ BERDUGO, retroactivamente la diferencia entre lo percibido y lo que debió devengar por concepto de ingresos mensuales, sobre la base del salario básico más el 30% de acuerdo a la prima especial de servicios, y de las prestaciones sociales liquidadas sobre la base de todo el salario básico para las que únicamente se tuvo en cuenta el 70% del salario básico al momento de su liquidación, en lo correspondiente al periodo comprendido entre el 15 de diciembre de 2012 y hasta tanto funja o haya fungido como juez de la República y sin que en ningún caso supere el porcentaje máximo fijado por el Gobierno Nacional para cada anualidad, debiéndose descontar lo pagado efectivamente por estos mismos conceptos.

Igualmente, a pagar las diferencias por concepto de cesantías y a efectuar las cotizaciones o aportes al Sistema General de Seguridad Social en materia de pensiones, utilizando como ingreso base de cotización el 100% de su remuneración, conforme a la proporción que le corresponda al empleado y al empleador de acuerdo con los porcentajes de ley, respecto de las diferencias no cotizadas desde el 17 de mayo de 2004 y en adelante.

Aportes a pensión que deberán ser dirigidos al Fondo Administrador de Pensiones al que estuviere afiliada» Cuarto: CONFIRMAR en lo demás, la sentencia del 15 de noviembre de 2019 proferida por el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, Sección Segunda, Sala Transitoria. Quinto: Se condena en costas en esta instancia a la parte demandada, de conformidad con lo expuesto en la parte motiva.

Sexto: Ejecutoriada esta sentencia devolver el expediente al Tribunal de origen, previas las anotaciones correspondientes. Notifíquese y cúmplase. La anterior providencia fue discutida y aprobada por la Subsección en la sesión de la fecha. JORGE IVÁN DUQUE GUTIÉRREZ Firmado electrónicamente LUIS EDUARDO MESA NIEVES Con impedimento JUAN CAMILO MORALES TRUJILLO Firmado electrónicamente