Los principios generales que rigen el desarrollo y aplicaciones pacíficas de la ciencia y la tecnología nuclear en Colombia son los siguientes:
Protección a la Población y el Ambiente: garantizar la protección de las personas, la población y del ambiente contra los efectos nocivos de la radiación ionizante, tanto en el presente como en el futuro.
Beneficios Sociales y Económicos: contribuir al desarrollo social y económico del país.
Desarrollo Científico y Tecnológico: promover el desarrollo del conocimiento de las ciencias y tecnologías nucleares para contribuir a la soberanía científica y tecnológica, impulsar el desarrollo y crecimiento del país y anticiparse a los retos tecnológicos futuros, así como promover la formación investigativa, la generación de nuevo conocimiento, la investigación, el desarrollo tecnológico, y la apropiación social del conocimiento, para contribuir a la soberanía científica, tecnológica y la innovación.
Cooperación Internacional: mantener relaciones estrechas con contrapartes en otros Estados y con Organismos Internacionales pertinentes, debido a que el uso de materiales nucleares y otros materiales radiactivos implica riesgos que requieren un alto nivel de colaboración y apoyo internacional.
Comunicación: implementar las acciones necesarias para una oportuna y efectiva comunicación a la población sobre los diversos aspectos de la tecnología nuclear y sus aplicaciones.
Cultura de la Seguridad: promover la cultura de la seguridad tecnológica y de la seguridad física nuclear.
Independencia efectiva: las decisiones en materia de seguridad tecnológica estarán libres de interferencias de entidades dedicadas al desarrollo, operación o ejecución de proyectos nucleares o que empleen fuentes radiactivas o equipos generadores de radiaciones ionizantes; por ende, la Agencia no podrá estar subordinada a dichas entidades con el fin de prevenir la existencia de conflictos de intereses. No se podrán destituir a los oficiales o agentes reglamentarios por motivos políticos, ni las decisiones regulatorias podrán ser modificadas ni interferidas por actores externos a su mandato técnico. La agencia debe disponer de los recursos financieros, humanos y técnicos suficientes, separando las competencias de presupuesto de las de personal, y sin interferencia política, comercial o de cualquier otro tipo que interfiera con sus funciones.
Transparencia: los organismos involucrados en el desarrollo, el uso y la regulación de la tecnología nuclear tiene que facilitar toda la información pertinente sobre su uso, en particular sobre incidentes y sucesos anormales que podrían afectar a la salud pública, la seguridad y el medio ambiente.
Control continuo: la Agencia debe mantener la capacidad de supervisar todas las actividades relacionadas con la tecnología nuclear para garantizar que se lleven a cabo de forma segura y conforme a los términos de la autorización, por tanto se debe garantizar el libre acceso de la Agencia a todas las instalaciones donde se utilice y almacene material nuclear.
También harán parte los principios establecidos en los instrumentos internacionales suscritos por Colombia.