Los servicios seccionales de salud en la programación, ejecución y control administrativo del presupuesto se regirán con estricta sujeción a la norma orgánica (Decreto extraordinario 294 de 1973), por lo tanto, sus presupuestos deberán ser aprobados conjuntamente por el Ministerio de Salud y la Dirección General del Presupuesto, antes del 31 de enero de 1988.
El sistema de control fiscal que deberá regir para estos servicios será el establecido por la Contraloría General de la República. SI Ministerio de Hacienda y Crédito Público conjuntamente con la Contraloría General de la República elaborará el manual de contabilidad financiera y presupuestal que deberá llevar estos servicios.