Son funciones del Presidente de la Agencia las Siguientes:
1. Dirigir, orientar, coordinar, vigilar y supervisar el desarrollo de las funciones a cargo de la Agencia.
2. Dirigir las actividades administrativas, financieras y presupuestales, y establecer las normas y procedimientos internos necesarios para el funcionamiento y prestación de los servicios de la Agencia.
3. Ejercer la representación legal de la Agencia y designar apoderados que la representen para la defensa de sus intereses, en asuntos judiciales y extrajudiciales.
4. Proponer, para aprobación del Consejo Directivo, el Plan Estratégico Institucional de la Agencia, que debe contener las políticas internas, prioridades y modelos de gestión para su operación.
5. Aprobar los criterios, parámetros y requisitos para la formulación, estructuración, cofinanciación y ejecución de proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural con enfoque territorial.
6. Aprobar los instrumentos a través de los cuales la Agencia ofrece los bienes y servicios, así como los modelos de operación para la ejecución de los de planes y proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural con enfoque territorial.
7. Proponer al Consejo Directivo los criterios para la aprobación de los proyectos nacionales y los de iniciativa territorial o asociativa.
8. Aprobar los proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural a ser cofinanciados y ejecutados por la Agencia, de acuerdo con el reglamento expedido por el Consejo Directivo.
9. Definir criterios y parámetros para la participación de organizaciones sociales, comunitarias, y productivas rurales, entre otras, en la estructuración y ejecución de los planes y proyectos integrales de desarrollo agropecuario rural con enfoque territorial.
10. Impartir lineamientos para desarrollar e implementar el sistema de monitoreo, seguimiento y control a la ejecución de los proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural.
11. Proponer, para la aprobación del Consejo Directivo, la distribución anual de los recursos para la cofinanciación de proyectos estratégicos nacionales y los de iniciativa territorial o asociativa, bajo los lineamientos del Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural.
12. Proponer al Consejo Directivo, la estrategia de relaciones interinstitucionales para la ejecución de proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural.
13. Presentar al Consejo Directivo informes semestrales consolidados de seguimiento a la formulación, estructuración y ejecución de los planes y proyectos integrales cofinanciados por la Agencia.
14. Promover y fortalecer las relaciones de cooperación e intercambio de información con las entidades de los demás sectores del Gobierno relacionadas con los asuntos de desarrollo agropecuario y rural, facilitar la gestión de acuerdos interinstitucionales y hacer seguimiento de los contratos y convenios que se suscriban.
15. Presentar al Consejo Directivo el anteproyecto de presupuesto, las modificaciones al presupuesto aprobado y los planes de inversión de la entidad, con arreglo a las disposiciones legales que regulan la materia.
16. Dirigir y promover la formulación de los planes, programas y proyectos relacionados con el cumplimiento de las funciones de la Agencia.
17. Ordenar los gastos, expedir los actos y celebrar los convenios y contratos con personas naturales o jurídicas, así como con entidades públicas o privadas, nacionales o extranjeras, para el cumplimiento del objeto y funciones de la Agencia.
18. Promover y gestionar convenios de cooperación y asistencia técnica con agencias que lideren a nivel internacional, planes y proyectos integrales de desarrollo agropecuario y rural, a efecto de intercambiar conocimientos y mejores prácticas que contribuyan al cumplimiento de las funciones de la Agencia, atendiendo los lineamientos impartidos por la Agencia Presidencial de Cooperación Internacional de Colombia, APC -COLOMBIA.
19. Aprobar la estrategia de comunicación interna y externa de las funciones y resultados de la gestión de la Agencia.
20. Presentar a consideración del Gobierno Nacional, la adopción de modificaciones a la estructura y planta de personal de la Agencia, que hayan sido aprobadas por el Consejo Directivo.
21. Distribuir entre las diferentes dependencias de la Agencia las funciones y competencias que la ley le otorgue a la entidad, cuando las mismas no estén asignadas expresamente a una de ellas.
22. Crear y organizar con carácter permanente o transitorio comités y grupos internos de trabajo.
23. Dirigir la administración del talento humano de la Agencia, distribuir los empleos de la planta de personal de acuerdo con la organización interna y las necesidades del servicio y ejercer la facultad nominadora, con excepción de lo que corresponda a otra autoridad.
24. Aprobar la estrategia de la Agencia en relación con el uso de las tecnologías de la información y comunicaciones.
25. Aprobar la estrategia de atención al ciudadano de la Agencia.
26. Dirigir el Sistema de Control Interno de la Agencia.
27. Ejercer la función de control disciplinario en los términos de la ley.
28. Presentar para aprobación del Concejo Directivo los estados financieros de la Agencia.
29. Las demás que le correspondan que le señale la ley.