El Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación, Colciencias, propondrá a la Comisión Rectora del Sistema General de Regalías los lineamientos de política que articulen el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación con la política de inversión de recursos del Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación del Sistema General de Regalías.
La Comisión Rectora fijará la política de inversión de los recursos del Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación. Dicha política deberá velar por la financiación de proyectos de inversión estratégicos de impacto regional. Para ello se podrán utilizar recursos de varios departamentos con interés en dicho proyecto. Todos los proyectos aprobados por el Órgano Colegiado de Administración y Decisión del Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación deberán enmarcarse dentro de estos lineamientos.
A su turno, cualquier entidad del orden nacional, podrá presentar proyectos susceptibles de ser financiados con cargo a los recursos del Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación, a través de la Secretaría Técnica del Órgano Colegiado de Administración y Decisión, sometiéndose a las normas legales y reglamentarias sobre la materia.