Además de las funciones que le corresponden conforme a la Ley 29 de 1990 y como establecimiento público del orden nacional, son funciones de Colciencias
Asesorar al Gobierno Nacional en todos los aspectos relacionados con la ciencia y la tecnología.
Proponer al Consejo Nacional de Política Económica y Social, Conpes, las entidades descentralizadas que deberán destinar recursos y su cuantía, para actividades de investigación y desarrollo tecnológico, y celebrar con ellas los contratos interadministrativos de que trata el artículo 4º de la Ley 29 de 1990.
De acuerdo con el artículo 3º de la Ley 29 de 1990, evaluar previamente los proyectos de investigación y las necesidades de importación de bienes y equipos para actividades científicas y tecnológicas que adelanten las universidades estatales, con el fin de que el Ministerio de Hacienda incluya en el proyecto de ley anual de presupuesto, las sumas necesarias para financiar el pago de los respectivos impuestos de importación y de ventas.
Calificar en forma previa la naturaleza científica y tecnológica de las actividades para las cuales se solicita el otorgamiento de exenciones, descuentos tributarios y demás ventajas de orden fiscal de que trata el artículo 6º de la Ley 29 de 1990 y celebrar los contratos que le permitan verificar los resultados de las investigaciones realizadas por quienes reciben dichas ventajas.
De acuerdo con el artículo 7º de la Ley 29 de 1990, atender las consultas para la determinación de las apropiaciones presupuestales para planes y programas de desarrollo científico y tecnológico que deban incluirse en el presupuesto.
Proponer al Gobierno Nacional la reglamentación para el otorgamiento de premios y distinciones conforme al artículo 8º de la Ley 29 de 1990.
Conceder los apoyos de que trata el artículo 8º de la Ley 29 de 1990.
Actuar como secretaría técnica y adminitrativa del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, en desarrollo de lo cual tendrá las siguientes funciones
Cumplir y hacer cumplir las decisiones Consejo.
Proponer y ejecutar las políticas, estrategias y planes de mediano y largo plazo aprobados por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
Promover, coordinar, gestionar y evaluar el cumplimiento de los programas nacionales y regionales de investigación y desarrollo tecnológico, en armonía con los consejos de programa, gestores, comisiones regionales y coordinadores regionales de ciencia y tecnología, y tomar las medidas que estime necesarias para garantizarlo.
Coordinar el trabajo de las comisiones regionales entre sí y con los programas nacionales de ciencia y tecnología, y convocar periódicamente a reuniones de coordinadores regionales y gestores de programas.
Promover, apoyar y coordinar un sistema nacional de información científica y tecnológica, y proponer al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología normas que garanticen su funcionamiento. Administrar un banco de proyectos de ciencia y tecnología al que deberán ingresar todas las propuestas y proyectos de investigación del Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología. Promover la divulgación de los resultados de los proyectos.
Organizar un sistema estadístico de ciencia y tecnología, que se integrará al Sistema Estadístico Nacional del Departamento Administrativo Nacional de Estadística.
Apoyar al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, en la preparación de proyectos de ley y de decretos para el desarrollo de la ciencia y tecnología.
Convocar a las sesiones ordinarias y extraordinarias del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, de conformidad con el reglamento.
Las demás que, en su calidad de secretaría técnica y administrativa del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, le asignen este Decreto o el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
Asesorar al Gobierno Nacional y al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología en la adopción de reglamentos y directrices necesarios para que las representaciones diplomáticas y consulares de Colombia en el exterior contribuyan al desarrollo de la investigación científica y tecnológica y a la incorporación del país en el contexto científico y tecnológico mundial, de acuerdo con el artículo 9º de la Ley 29 de 1990.
Financiar total o parcialmente los proyectos que le indiquen los consejos de programa nacionales y regionales de ciencia y tecnología. Financiar proyectos especiales que no estén considerados en los programas nacionales o regionales o cuando, después de la correspondiente evaluación, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología establezca su conveniencia.
Ejercer por sí misma o conjuntamente la secretaría técnica y administrativa de los consejos de programa.
Diseñar, impulsar y ejecutar estrategias para la incorporación de la ciencia y la tecnología en la cultura colombiana.
Diseñar, impulsar y ejecutar estrategias permanentes de: consolidación de las comunidades científicas y tecnológicas; comunicación entre científicos y personas involucradas en investigación y desarrollo; fomento y auspicio del intercambio nacional e internacional de investigaciones, investigadores y recursos de investigación; regionalización de las actividades científicas y tecnológicas, y establecimiento de redes de cooperación entre grupos de investigación.
Coordinar con el sector educativo estrategias para impulsar la incorporación de la ciencia en todas las ramas y niveles de la educación; promover la formación y capacitación de investigadores de alto nivel, y contribuir en la financiación de los programas doctorales prioritarios para el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología.
Promover y realizar estudios prospectivos y teóricos sobre la ciencia y la tecnología y su papel en la sociedad, como base para el diseño de políticas, planes y estrategias.
Administrar depósitos especiales de terceros para actividades de ciencia y tecnología.
Promover y participar en actividades de cooperación internacional relacionadas con ciencia y tecnología.
Delegar, con el voto favorable del Presidente de la Junta Directiva, algunas de sus funciones en otras entidades descentralizadas territorialmente o por servicios.