El Estatuto Orgánico de la Universidad de la Amazonia, reglamentará el funcionamiento del Consejo Superior Universitario, el Consejo Académico, la Rectoría, los Consejos de Facultad, las Decanaturas, la Dirección Administrativa, la Dirección de Instituto, Escuelas, Jefaturas de Departamento y de Secciones.
El Estatuto Orgánico será sometido a la aprobación del Gobierno Nacional.