Son funciones de la Subsecretaría de Soberanía Territorial:
Vigilar el cumplimiento de los tratados internacionales vigentes sobre límites de la República;
Recopilar la información histórica, geográfica y jurídica sobre las zonas fronterizas tanto terrestres como fluviales y marítimas;
Completar y conservar actualizado el archivo relacionado con la definición de los límites de la República;
Asistir al Gobierno y a la Comisión Asesora de Relaciones Exteriores, en las materias confiadas a su cuidado, afines con las funciones propias de la Subsecretaría;
Servir de órgano de enlace entre el Ministerio y las entidades oficiales sobre asuntos relacionados con la geografía de las regiones limítrofes, el régimen de las fronteras nacionales y la política marítima y fluvial de Colombia;
Establecer y mantener contactos con las entidades internacionales especializadas en los campos relacionados con las funciones generales de la Subsecretaría;
Revisar, autorizar y aprobar los mapas y publicaciones oficiales que contemplen las fronteras nacionales, las áreas de dominio marítimo y fluvial de la República;
Someter a la consideración del Ministro de Relaciones Exteriores los proyectos de publicaciones sobre las fronteras nacionales o el derecho del mar;
Participar en la preparación y adopción de los programas encaminados al desarrollo e integración de las zonas fronterizas;
Coordinar, evaluar y autorizar, con las entidades competentes, las solicitudes de otros gobiernos para sobrevuelos de aeronaves sobre el territorio nacional, así como las de naves colombianas en el exterior;
Coordinar las labores técnicas y administrativas entre las diferentes secciones de la Subsecretaría.