La Comisión Nacional de Aguas emitirá concepto, cuando así lo requiera de las entidades que la integra, en los siguientes casos
Para definir la prioridad nacional teniendo en cuenta las repercusiones económicas, sociales y ecológicas, tanto regionales como nacionales, cuando dos o más entidades proyecten destinar el recurso a usos que son o pueden llegar a ser incompatibles o excluyentes.
Para recomendar las actividades que debe desarrollar cada entidad involucrada en la ordenación de una cuenca hidrográfica; para lograr la planeación coordinada de los usos del suelo, de las aguas, de la flora y de la fauna, así como el manejo adecuado de la cuenca.