Los Servicios Seccionales de Salud en la programación, ejecución y control del presupuesto se regirán con estricta sujeción a la norma orgánica del Presupuesto General de la Nación y por el Manual de Presupuesto para los Servicios Seccionales de Salud, expedido por el Ministerio de Hacienda y Crédito Público. Por tanto, sus presupuestos deberán ser aprobados conjuntamente por el Ministerio de Salud y la Dirección General del Presupuesto.
El Sistema de Control fiscal que deberá aplicarse a los recursos nacionales que reciben los Servicios será el establecido por la Contraloría General de la República.