El funcionario de instrucción tiene el deber de practicar todas las diligencias que sean conducentes para el esclarecimiento de los hechos, materia de la investigación, ordenándolas de una manera general en el auto cabeza del proceso. El auto cabeza del proceso debe contener la orden de realizar, en especial, lo siguiente
Establecer la calidad de militar o civil del sindicado;
Recibir declaración a todas las personas que tengan conocimiento de la infracción o de sus autores o partícipes;
Efectuar todos los careos que sean necesarios;
Recibir declaración indagatoria a los presuntos autores o partícipes del hecho;
Realizar inspecciones oculares y reconstrucción de los hechos, u ordenar dictámenes periciales;
Realizar las diligencias conducentes al establecimiento de los antecedentes del hecho, y de las personas sindicadas;
Comunicar al Comandante o superior del sindicado o presuntos sindicados, o al jefe militar del lugar donde se realizó el hecho, la iniciación de la investigación, para que se nombre al oficial que ha de actuar como fiscal.