El Fondo Nacional Ambiental (Fonam) tendrá tres subcuentas especiales:
Subcuenta para el manejo separado de los recursos presupuestales que se asignen a la administración y manejo del Sistema de Parques Nacionales. Esta subcuenta estará integrada por los recursos provenientes de la administración y manejo de las áreas del Sistema de Parques Nacionales Naturales y del Ecoturismo, así como del producto de las concesiones en dichas áreas. El Director de Parques Nacionales Naturales de Colombia tendrá la función de ordenador del gasto de esta subcuenta.
Subcuenta para el manejo separado de los recursos presupuestales que se asignen a la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales (ANLA), constituida por los recursos provenientes del pago de los servicios de evaluación y seguimiento a las licencias, permisos, concesiones, autorizaciones y demás instrumentos de control y manejo ambiental de competencia de la ANLA, los recursos recaudados por concepto de los permisos de importación y exportación de especies de fauna y flora silvestres No Cites, la aplicación de multas y demás sanciones económicas impuestas por esta autoridad. La ordenación del gasto de esta subcuenta estará en cabeza del Director de la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales.
Subcuenta para el manejo separado de los ingresos que obtenga el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, constituida por los recursos provenientes de los permisos de importación y exportación de especies de fauna y flora silvestres establecidos en la Convención Internacional sobre Comercio de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres Cites, los de fabricación y distribución de sistemas de marcaje de especies de la biodiversidad regulados por esta Convención, los recursos provenientes de los contratos de acceso a los recursos genéticos que celebre, los recursos provenientes de los desincentivos económicos establecidos por la Comisión de Regulación de Agua Potable y Saneamiento Básico, CRA, en desarrollo del artículo 7° de la Ley 373 de 1997, en los casos en que se presente disminución en los niveles de precipitación ocasionados por fenómenos de variabilidad climática, con base en la información que para el efecto divulgue el Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (Ideam) y los provenientes de la aplicación de multas y demás sanciones económicas impuestas por este Ministerio. El Ministro de Ambiente y Desarrollo Sostenible será el ordenador del gasto de esta subcuenta.