Corresponde a la Secretaría General, el ejercicio de las siguientes funciones:
1. Velar por el cumplimiento de las normas legales orgánicas del Ministerio.
2. Presidir las Juntas y/o Consejos Directivos de las entidades adscritas y/o vinculadas, cuando el Ministro de Defensa Nacional le haya encomendado esta función.
3. Verificar que las decisiones adoptadas por las Juntas o Consejos Directivos se lleven a cabo y respondan a las políticas y criterios formulados por el Ministro.
4. Presentar a consideración del Ministro los proyectos de decreto que reglamentan la estructura interna y el funcionamiento del Ministerio, y los actos administrativos relacionados con la administración de personal.
5. Liderar y coordinar el desarrollo, implementación, actualización y ejecución de lucha contra la corrupción en coordinación con la Presidencia de la República.
6. Diseñar y proponer estrategias orientadas a fortalecer el sistema de información ciudadana, en procura de un óptimo funcionamiento de la gestión del Ministerio.
7. Coordinar la elaboración de los proyectos de presupuesto de la Gestión General del Ministerio y presentarlos al Viceministro de Gestión Institucional del Ministerio.
8. Definir la política para la creación de estrategias para fomentar la conducta ética para la adecuada prestación del servicio de los servidores públicos de la Gestión General del Ministerio en cumplimiento de sus funciones y coordinar el diseño de programas para la prevención y represión de las faltas administrativas.
9. Convocar y presidir el Tribunal Médico Laboral de Revisión Militar y de Policía.
10. Definir las políticas de administración del recurso humano, de prestación de bienes y servicios, del recurso financiero y de los procesos contractuales de la Gestión General del Ministerio y las que le sean delegadas.
11. Llevar a consideración del Ministro los contratos relacionados con los asuntos que competen a la Gestión General del Ministerio y los que le sean delegados.
12. Velar por la adecuada administración del recurso humano de la Gestión General del Ministerio.
13. Desarrollar políticas para la administración de los bienes muebles e inmuebles del Ministerio.
14. Administrar los recursos de la Unidad Presupuestal Gestión General.
15. Velar por el eficiente desempeño de las funciones jurídicas, técnicas, administrativas y tecnológicas del mismo y coordinar la actividad de sus distintas dependencias.
16. Presentar a consideración del Ministro los proyectos de actos administrativos y demás documentos de carácter técnico y administrativo, que él deba suscribir en ejercicio de sus funciones y velar por su legalidad y constitucionalidad.
17. Informar periódicamente al Ministro sobre el funcionamiento jurídico, técnico, administrativo y tecnológico de las dependencias que conforman la Gestión General del Ministerio y el estado de ejecución de los programas de la misma.
18. Ejecutar las operaciones relacionadas con el Fondo de Bienestar Recreación del Ministerio de Defensa Nacional y las Fuerzas Militares.
19. Establecer y apoyar los procesos del Archivo General relacionados con la memoria histórica del Ministerio y todas sus dependencias, velando por su conservación y custodia.
20. Establecer las políticas de gestión documental en la Gestión General del Ministerio.
21. Impartir directrices a las diferentes dependencias de la Gestión General del Ministerio sobre la actividad administrativa, proporcionándoles una adecuada orientación técnica que garantice la continuidad en la prestación de los servicios y la ejecución de los programas.
22. Asesorar al Ministerio de Defensa Nacional en la definición de políticas para el cumplimiento de la función legal de la Fuerza Pública en relación con el Medio Ambiente.
23. Dirigir las actividades de control de ejecución presupuestal, tesorería y contabilidad de la Unidad de Gestión General del Ministerio.
24. Velar por el cumplimiento oportuno de las responsabilidades del Ministro ante los órganos de control, respecto de los estados financieros y demás informes que reflejen en debida forma la situación financiera y contable de la Gestión General del Ministerio.
25. Aprobar y dirigir la metodología que permita fortalecer las actividades de investigación, normalización, estandarización y desarrollo organizacional del Ministerio de Defensa Nacional.
26. Velar por el cumplimiento de las funciones de las dependencias que tenga a su cargo.
27. Velar por que se ejerza el control interno sobre cada una de las funciones de la Secretaría General.
28. Realizar las demás que le sean asignadas o delegadas por el Ministro y por las disposiciones legales vigentes.