El Consejo Directivo estará integrado por:
El Ministro de Educación o su delegado, quien lo presidirá.
Un representante del Presidente de la República, escogido entre los exalumnos del plantel, residentes en el departamento de Boyacá.
El Secretario de Educación del departamento o su delegado .
Un representante de los profesores del colegio, elegido por voto directo y secreto.
Un representante de los estudiantes del Colegio de Boyacá, elegido en la forma que lo determinen los estatutos.
Dos representantes de la Asamblea Departamental.
Un representante del Concejo Municipal de Tunja.
El rector formará parte del Consejo Directivo con derecho a voz pero sin voto.