Son funciones de la Sección de Asuntos Marítimos y Fluviales:
Participar en el estudio de las políticas y nuevas normas para el desarrollo de las fronteras marítimas y ríos comunes;
Mantener contactos con las entidades oficiales competentes para la adopción de programas afines;
Compilar y organizar los tratados y estudios especiales sobre fronteras y ríos comunes;
Proponer reconocimientos periódicos de los ríos que constituyen límite entre Colombia y los países vecinos, con el fin de establecer las variaciones producidas en sus cursos y proponer las soluciones adecuadas; así mismo, estudiar el régimen de las islas en los ríos limítrofes;
Participar en los estudios sobre aprovechamiento y utilización de cuencas de los ríos comunes a Colombia y los países fronterizos;
Coordinar, evaluar y autorizar con las entidades competentes, las solicitudes presentadas por Estados, Organismos Internacionales así como por personas naturales o jurídicas, para que naves o artefactos navales de bandera nacional o extranjera realicen investigaciones científicas en los espacios marítimos jurisdiccionales y fluviales de Colombia;
Proponer la elaboración de cartas náuticas y levantamientos hidrográficos, con el fin de contar con un mejor apoyo para el estudio de las áreas jurisdiccionales;
Estudiar, conceptuar y tramitar los permisos de pesca previstos en los tratados internacionales suscritos por Colombia;
Recomendar la publicación de folletos de interés sobre las fronteras marítimas y ríos comunes.