Son principios del Sistema Nacional de Convivencia Escolar y Formación para los Derechos Humanos, la Educación para la Sexualidad y la Prevención y Mitigación de la Violencia Escolar:
Participación. En virtud de este principio las entidades y establecimientos educativos deben garantizar su participación activa para la coordinación y armonización de acciones, en el ejercicio de sus respectivas funciones, que permitan el cumplimiento de los fines del Sistema. Al tenor de la Ley 115 de 1994 y de los artículos 31, 32, 43 y 44 de la Ley 1098 de 2006 , los establecimientos educativos deben garantizar el derecho a la participación de niños, niñas y adolescentes en el desarrollo de las estrategias y acciones que se adelanten dentro de los mismos en el marco del Sistema. En armonía con los artículos 113 y 288 de la Constitución Política, los diferentes estamentos estatales deben actuar en el marco de la coordinación, concurrencia, complementariedad y subsidiariedad; respondiendo a sus funciones misionales.
Corresponsabilidad. La familia, los establecimientos educativos, la sociedad y el Estado son corresponsables de la formación ciudadana, la promoción de la convivencia escolar, la educación para el ejercicio de los derechos humanos, sexuales y reproductivos de los niños, niñas y adolescentes desde sus respectivos ámbitos de acción, en torno a los objetivos del Sistema y de conformidad con lo consagrado en el artículo 44 de la Constitución Política y el Código de la Infancia y la Adolescencia.
Autonomía: Los individuos, entidades territoriales e instituciones educativas son autónomos en concordancia con la Constitución Política y dentro de los límites fijados por las leyes, normas y disposiciones.
Diversidad: El Sistema se fundamenta en el reconocimiento, respeto y valoración de la dignidad propia y ajena, sin discriminación por razones de género, orientación o identidad sexual, etnia o condición física, social o cultural. Los niños, niñas y adolescentes tienen derecho a recibir una educación y formación que se fundamente en una concepción integral de la persona y la dignidad humana, en ambientes pacíficos, democráticos e incluyentes.
Integralidad: La filosofía del sistema será integral y estará orientada hacia la promoción de la educación para la autorregulación del individuo, de la educación para la sanción social y de la educación en el respeto a la Constitución y las leyes.