En la Universidad funcionarán un Consejo Académico, como organismo de estudio y asesoría en los asuntos docentes, y un Consejo Técnico, como organismo consultivo del Instituto Colombiano de Pedagogía.
El Consejo Académico estará compuesto por el Rector, quien lo presidirá, los funcionarios que señalen los estatutos de la Universidad, un representante del profesorado y un representante de los estudiantes, elegidos en la forma que determinen los estatutos.
El Consejo Técnico estará compuesto por el Ministro de Educación, o su delegado, quien lo presidirá; el Director del Instituto Colombiano de Pedagogía, o su delegado; el Gerente del Fondo Colombiano de Investigaciones Científicas y Proyectos Especiales "Francisco José de Caldas", o su delegado; el Gerente del Instituto Colombiano de Construcciones Escolares, o su delegado; el jefe de la Oficina de Planeamiento del Ministerio de Educación, o su delegado y un representante de la Asociación Colombiana de legado, y un representante de la Asociación Colombiana de Universidades.