El Fondo de Estabilización de Precios del Café será administrado por la Federación Nacional de Cafeteros, a través de un contrato específico suscrito con el Gobierno nacional, en el cual se señalarán los términos y condiciones bajo las cuales se administrará dicho Fondo.
Dentro de los términos del contrato que suscriba el Gobierno nacional con la Federación Nacional de Cafeteros para la administración de este Fondo, se definirán las responsabilidades de las partes para atender lo relacionado con la estructuración, auditoría, e implementación de los mecanismos de estabilización. Igualmente se definirán los costos y gastos imputables a este Fondo y las fuentes con que se cubrirán los mismos.
La Federación Nacional de Cafeteros manejará los recursos que conforman el Fondo de Estabilización de Precios del Café de manera independiente de sus propios recursos y de los del Fondo Nacional del Café, para lo cual deberá llevar una contabilidad y estructura presupuestal independiente, de forma que en cualquier momento se pueda establecer su estado y el movimiento de los recursos provenientes de cada una de sus fuentes.