Para el cumplimiento de sus funciones, el Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses tiene la siguiente organización básica
Junta Directiva
Dirección General del Instituto 2.1 Control Interno 2.2 Oficina de Planeación 2.3 Oficina Jurídica
Secretaría General 3.1 Oficina de Personal
Subdirección de Investigación científica
Subdirección de Servicios Forenses
Subdirección Administrativa y Financiera
Direcciones Seccionales 7.1 Unidades Locales
En la ciudad sede de cada Dirección Seccional de Fiscalía habrá una Dirección Seccional del Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses.