La estructura general del Ministerio de Justicia es la siguiente:
Dirección:
1. Despacho del Ministro.
2. Secretaría General
2.1. Oficina Jurídica.
2-2. Oficina de Planeación
2-2-1. Sección de Arquitectura
2-3 Oficina de Investigaciones Socio-Jurídicas.
2-4 Oficina de Asesoría a la Rama Jurisdiccional.
2-4-1. Sección de Organización y Métodos
2-5. División de Personal
2-5-1. Sección de Selección y Capacitación.
2-5-2. Sección de Registro y Control.
2-6. División de Servicios Generales.
2-6-1. Sección de Archivo y Correspondencia.
2-6-2. Sección de Almacén y suministros.
2-6-3. Sección de Servicios Administrativos Internos.
Ejecución
3. Dirección General de Menores.
3-1. División Jurídica.
3-1-1. Sección de Asistencia Legal.
3-1-2. Sección de Asistencia Social.
3-2. División Técnica.
3-2-1. Sección de Estudios Técnicos
3-2-2. Sección de Capacitación y Divulgación.
3-2-3. Sección de Servicios Administrativos.
3-3. Unidades Operativas de Protección del Menor.
3-4. Establecimientos de Observación, Protección y Rehabilitación.
4. Dirección General de prisiones.
4-1. División de Inspección de Prisiones.
4-2. División Técnica.
4-2-1. Sección de Asistencia Jurídica.
4-2-2. Sección de Rehabilitación y Servicios Asistenciales.
4-2-3. Sección de Capacitación.
4-3. División de Fomento Industrial y Agropecuario.
4-4. División Administrativa.
4-4-1. Sección de Vigilancia Carcelaria.
4-4-2. Sección de Servicios Administrativos.
4-5. Establecimientos Carcelarios.
5. División de Medicina Legal e Investigaciones Forenses.
5-1. Instituto de Medicina Legal e Investigaciones Forenses de Bogotá.
5-2. Institutos de Medicina Legal e Investigaciones Forenses de Medellín, Cali, Barranquilla y Bucaramanga.
5-3. Sección de Servicios Administrativos.
Organismos Adscritos
6. Superintendencia Notariado y Registro.
7. Fondo Rotatorio del Ministerio de Justicia.