Son funciones de supervisión y vigilancia del Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural las siguientes:
Hacer seguimiento y evaluación a los planes, programas y proyectos del Fondo de Fomento de la Papa;
Aprobar o improbar el presupuesto anual de ingresos y gastos;
Llevar control de la ejecución de los recursos y emitir concepto sobre los acuerdos de gasto trimestrales;
Hacer seguimiento y evaluación sobre el cumplimiento de altos estándares de democratización real y transparencia.