Son funciones de la Junta Directiva las siguientes:
Elaborar los estatutos de la Corporación, los cuales serán sometidos a la aprobación del Presidente de la República y determinar su planta de personal bajo la aprobación del Gobierno Nacional;
Dictar el reglamento y el manual de funcionamiento de la Corporación y adoptar, de acuerdo con el Director Ejecutivo la política administrativa de la misma.
Aprobar los estudios, planes, programas y proyectos elaborados o contratados por la Corporación, como también de aquellos que sean adelantados por entidades de carácter regional que vengan en beneficio de su área de jurisdicción;
Establecer cuáles de los servicios prestados por la Corporación deben ser retribuidos por medio de tasas y fijar su cuantía y modalidad de pago, todo de acuerdo con las disposiciones legales vigentes;
Autorizar y aprobar los contratos que celebre el Director Ejecutivo de conformidad con las disposiciones legales vigentes;
Adoptar el presupuesto anual de ingresos, gastos e inversión;
Adoptar los planes, programas y proyectos conforme a los lineamientos de la política nacional y regional con sujeción a las condiciones específicas del departamento y de los municipios;
Aprobar la adquisición y disposición de los bienes muebles e inmuebles de la Corporación.
Comprometer a la Corporación en obligaciones a corto, mediano y largo plazo y pignorar los bienes de la Corporación cuando para el cumplimiento de sus funciones fuere necesario;
Crear para la unidad territorial Sierra Nevada de Santa Marta, una división de manejo especial de carácter científico y técnico, responsable de ejecutar las funciones asignadas a la Corporación;
En fin, ejercitar todas las funciones y ordenar todos los actos y contratos tendientes al mejor cumplimiento de los fines esenciales de la Corporación.