Son funciones de la Comisión Nacional, las siguientes:
Elaborar y aprobar su reglamento interno.
Crear un comité técnico asesor, definirle sus funciones, su conformación y dictar su reglamento interno.
Aprobar la ejecución de los proyectos del Programa Nacional de Prevención, Mitigación, Erradicación, Contención y Renovación del Huanglongbing (HLB) de los cítricos y sus modificaciones.
Llevar a cabo el seguimiento y evaluación a la ejecución del presupuesto de inversión del Programa Nacional de Prevención, Mitigación, Erradicación, Contención y Renovación del Huanglongbing (HLB) de los cítricos.
Recomendar los programas regionales de prevención, vigilancia y control del Huanglongbing (HLB) de los cítricos.
Diseñar y poner en funcionamiento el plan de seguimiento y evaluación de los programas regionales.
Recomendar la regulación relacionada con la gestión para mantener las áreas libres del Huanglongbing (HLB) de los cítricos en el país.
Promover todas las acciones de contención de la enfermedad en áreas afectadas y de prevención de la enfermedad en áreas libres del Huanglongbing (HLB) de los cítricos.
Recomendar el establecimiento de puestos de control fitosanitarios.
Las demás que sean necesarias para el logro de sus objetivos.