El Ministerio de Hacienda y Crédito Público y el Ministerio de Minas y Energía, o la entidad delegada, establecerán la metodología de cálculo del valor del ingreso al productor de los combustibles líquidos y biocombustibles, así como las tarifas y márgenes asociados a la remuneración de toda la cadena de transporte, logística, comercialización y distribución de dichos combustibles que hacen parte del mercado regulado. Asimismo, podrán determinar los mecanismos diferenciales de estabilización de los componentes de la estructura de los precios de referencia de venta al público de los combustibles regulados y su focalización, así como los subsidios a los mismos, que se harán a través del Fondo de Estabilización de Precios de los Combustibles (FEPC), teniendo en cuenta los principios de eficiencia y progresividad. El mecanismo de estabilización previsto por el FEPC no afectará los impuestos de carácter territorial.
Las compensaciones al transporte, los subsidios, los incentivos tributarios y los mecanismos diferenciales de estabilización de precios podrán reconocerse y entregarse de manera general, focalizada o directa al consumidor final en la forma que determine el Gobierno nacional mediante el uso de nuevas tecnologías. El Gobierno nacional determinará el criterio de focalización. Parágrafo 2°. Dado que el sector de biocombustibles tiene relación directa con el sector agrícola y tiene un efecto oxigenarte en los combustibles líquidos, el porcentaje de biocombustibles dentro de la mezcla de combustibles líquidos deberá ser concertado por el Ministerio de Hacienda y Crédito Público y el Ministerio de Minas y Energía con el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural y el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible.