Son funciones de la Sección de Auditoría:
Elaborar proyectos de reglamentación sobre contabilidad y auditoría de las entidades sometidas a control;
Estudiar y revisar los balances e informes contables y financieros que deban presentar las organizaciones sometidas al control de la Superintendencia del Subsidio Familiar y establecer su conformidad con las normas y autorizaciones legales;
Absolver las consultas que se presenten sobre aspectos contables y financieros relacionadas con las entidades que manejen o distribuyan el subsidio familiar;
Ejercer las demás funciones que le confiera la ley o le sean adscritas o delegadas.