La Unidad de Investigación y Acusación será el órgano que satisfaga el derecho de las víctimas a la justicia cuando no haya reconocimiento colectivo o individual de responsabilidad. Tendrá las siguientes funciones:
Investigar, y de existir mérito para ello, acusar ante el Tribunal para la Paz a las personas cuyos casos le hayan sido remitidos por la Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad, por la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas o por la Sección de Revisión del Tribunal para la Paz.
Decidir, de oficio o a solicitud de las Salas o Secciones de la JEP, las medidas de protección aplicables a víctimas, testigos y demás intervinientes.
Solicitar a la Sección de Primera Instancia del Tribunal para la Paz para casos de ausencia de reconocimiento de verdad y responsabilidad, la adopción de medidas de aseguramiento y cautelares para garantizar el buen fin del proceso.
Organizar sus tareas, integrar comisiones de trabajo, fijar prioridades, acumular casos semejantes y definir la secuencia en que los abordará, así como adoptar criterios de descongestión. Al ejercer estas facultades tendrá en cuenta la necesidad de evitar que las conductas graves y representativas queden impunes así como prevenir la congestión del Tribunal.
Cuando en virtud de las decisiones que haya adoptado, considere que no es necesario investigar o acusar, podrá remitir el caso a la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas o a la Sala de Amnistía e Indulto.
Adelantar registros, allanamientos, incautaciones e interceptaciones de comunicaciones. En estos eventos, un magistrado de la Sección de primera instancia para casos de ausencia de reconocimiento de verdad y responsabilidad del Tribunal para la Paz efectuará el control posterior respectivo, a más tardar dentro de las treinta y seis (36) horas siguientes, al solo efecto de determinar su validez.
Asegurar los elementos materiales probatorios, garantizando la cadena de custodia mientras se ejerce su contradicción. En caso de requerirse medidas adicionales que involucren una posible afectación de derechos fundamentales, deberá obtenerse previamente la respectiva autorización por parte de un magistrado de la Sección de Primera Instancia del Tribunal para la Paz para casos de ausencia de reconocimiento de verdad y responsabilidad, quien ejercerá las funciones de control de garantías.
Dirigir y coordinar las funciones de policía judicial que en forma transitoria y en el marco de la JEP cumplirá el Equipo Técnico Investigativo creado para estos fines al interior de la Unidad.
Solicitar a otros órganos competentes del Estado o a organizaciones de derechos humanos y de víctimas, que informen respecto de hechos sobre los cuales no se cuente con información suficiente.
Articular y coordinar con la Jurisdicción Especial Indígena sobre asuntos de competencia de esta.
Las demás que establezca la ley de procedimiento de la JEP.