La fiscalización de la Corporación se regirá por la Ley 151 de 1959 . Tendrá un Auditor Fiscal, dependiente del Contralor General de la República, que será elegido por la Junta Directiva de terna que al efecto le pase el Contralor.
El personal subalterno de la Auditoría Fiscal será determinado por el Contralor General de la República y nombrado por el Auditor Fiscal. La remuneración del personal y demás gastos de la Auditoría Fiscal serán fijados por el Contralor General y pagados con fondos de la Corporación.
El Contralor General prescribirá sistemas de control apropiados a la naturaleza de la Corporación, respetando su autonomía administrativa y consultando, para facilitar su funcionamiento y el ágil cumplimiento de sus finalidades, su carácter de entidad descentralizada encargada de aplicar la técnica y los sistemas de administración de empresas.