Son funciones de la Sección de apelación:
Decidir las impugnaciones de las sentencias proferidas por cualquiera de las secciones de primera instancia.
Decidir los recursos de apelación que contra las resoluciones de las Salas de la JEP y secciones del Tribunal para la Paz se interpongan.
Decidir en segunda instancia las acciones de tutela instauradas en contra de las decisiones de algún órgano de la JEP.
Las demás que establezca la ley de procedimiento de la JEP, siempre que no sean contrarias al Acto Legislativo número 01 de 2017 y a la presente ley.