Son funciones de la Dirección General de Asuntos Indígenas las siguientes:
Definir y someter a la aprobación del Ministro de Gobierno para su adopción por parte del Gobierno Nacional, la política en materia indigenista, previa concertación con las comunidades indígenas y demás agencias públicas y privadas del sector;
Promover acciones, tanto de parte del Ministerio, como de las demás agencias del Estado para que las comunidades indígenas del país sean atendidas debidamente por los programas de acción del Gobierno Nacional y tenidos en cuenta en los presupuestos de las diferentes dependencias que guarden relación con programas de la comunidad indígena, así como evaluar la implementación de dichas políticas;
Coordinar las acciones que presten las distintas entidades públicas, privadas y extranjeras en desarrollo de programas indigenistas y prestar el apoyo al desarrollo autogestionario de dichas comunidades;
Ejercer la representación legal ante las autoridades del estado de los miembros de las comunidades indígenas en defensa de su integridad, el respeto de su identidad y autonomía cultural;
Velar por el cumplimiento de la legislación nacional y de las recomendaciones adoptadas por el Gobierno Nacional de organismos internacionales referentes a la población indígena del país;
Velar por la integridad de los territorios indígenas, y promover la constitución, ampliación y saneamiento de los resguardos;
Fortalecer el sentido de solidaridad interno indígena brindando apoyo a sus organizaciones y autoridades tradicionales.
Para el mejor cumplimiento de estas funciones, podrán constituirse comités con otras agencias del Estado tendientes a lograr la más efectiva coordinación para el cumplimiento de los programas.
A nivel regional funcionarán comisiones según lo determine el Gobierno Nacional, para atender los programas de la Dirección General de Asuntos Indígenas.