Son principios que rigen el funcionamiento de la Región Metropolitana Bogotá - Cundinamarca los siguientes:
Autonomía territorial. Las entidades territoriales que conformen la Región Metropolitana Bogotá - Cundinamarca mantendrán su autonomía territorial y no quedarán incorporadas al Distrito Capital. La Región Metropolitana respetará la autonomía de los municipios que sean parte, de Bogotá y de Cundinamarca. Las competencias municipales, departamentales y distritales se respetarán bajo las autoridades político administrativas de cada entidad territorial.
Sostenibilidad. La Región Metropolitana velará por la integridad de los elementos que la Estructura Ecológica Principal Regional, como soporte de la vida y el desarrollo sostenible regional, los recursos naturales, las áreas protegidas y los servicios ecosistémicos, permitiendo su preservación para las necesidades futuras y buscando equilibrio entre el desarrollo económico, el cuidado del medio ambiente y el bienestar social.
Convergencia socioeconómica. La Región Metropolitana contribuirá al equilibrio entre las entidades territoriales y al reconocimiento de las oportunidades de desarrollo que tienen todos los municipios que la conforman independientemente de su tamaño y categoría. El enfoque de desarrollo equilibrado del territorio tendrá en consideración las necesidades, características y particularidades económicas, culturales, sociales y ambientales, fomentando el fortalecimiento de los entes territoriales que la conforman.
Pluralidad. Se reconocerán las diferencias geográficas, institucionales, económicas, sociales, étnicas y culturales de las entidades territoriales que conformen la Región Metropolitana Bogotá - Cundinamarca, como fundamento de la convivencia pacífica y la dignidad humana.
Identidad regional. La Región Metropolitana promoverá la identificación, promoción y desarrollo articulado de las manifestaciones artísticas, culturales, sociales, materiales e inmateriales de los entes territoriales que conforman la región para fortalecer y consolidar la identidad y sentido de pertenencia regional.
Gradualidad. La Región Metropolitana asumirá sus funciones y competencias de manera gradual, teniendo en cuenta su capacidad técnica y financiera.
Economía y buen Gobierno. La Región Metropolitana promoverá la autosostenibilidad económica, el saneamiento fiscal, racionalización, la optimización del gasto público y el buen gobierno en su conformación y funcionamiento.
Especialidad. La Región Metropolitana solo puede intervenir en los temas objeto de su competencia, que le han sido transferidos, delegados u otorgados por la ley, de tal manera que no puede intervenir en las competencias exclusivas de los municipios, del distrito capital o del departamento.
Participación. La Región Metropolitana garantizará la participación, concertación y cooperación de los ciudadanos en la construcción colectiva de políticas públicas, planes, programas, proyectos y la prestación de servicios a su cargo, para lo cual establecerá los mecanismos para hacerlo. Promoverá el control social y la transparencia en la gestión pública.
Coordinación. La ciudad de Bogotá y los municipios asociados a la región metropolitana, deben garantizar el ejercicio armónico de sus respectivas funciones con el fin de lograr sus fines y cometidos, en concordancia con el artículo 113 de la Constitución.
En consecuencia, prestarán su colaboración a las demás entidades para facilitar el ejercicio de sus funciones y se abstendrán de impedir u obstaculizar su cumplimiento.
Concurrencia. Obligatoriedad de concurrir a la financiación, prestación efectiva de los propósitos territoriales, ambientales, sociales o económicos por los que los municipios se han asociado a la región metropolitana. Lo anterior, sin vulnerar la autonomía política, administrativa, fiscal y normativa de cada una de las entidades territoriales.
Complementariedad. La región metropolitana deberá acudir complementariamente a la prestación de bienes y servicios a cargo de las entidades territoriales asociadas.