Son funciones de la Sección de Control Interno
Efectuar controles sistemáticos, ágiles y oportunos a las labores de comprobación, liquidación, almacenamiento y finalización de regímenes aduaneros con base en el programa aprobado previamente por el Administrador;
Proyectar y efectuar las visitas de inspección y control que deban adelantarse a las demás dependencias de la Administración y a las personas o entidades que cuentan con inscripción, autorización, licencia o permiso de la Dirección General de aduanas para adelantar actividades que se encuentran sometidas a su control o vigilancia;
Recomendar al Jefe de la División la iniciación de las investigaciones correspondientes por parte de la Oficina de Control, cuando lo considere procedente;
Supervisar el cobro y pago de las cuentas adicionales;
Vigilar la cancelación y efectividad de las fianzas y garantías constituidas;
Supervisar la correcta aplicación de los regímenes aduaneros y lo relacionado con las mercancías importadas temporalmente.