Son funciones de la Comisión Nacional las siguientes:
Elaborar y aprobar su reglamento interno;
Establecer un comité técnico asesor, definirle sus funciones, su conformación y dictar su reglamento interno;
Aprobar los proyectos-piloto del Programa Nacional de Erradicación de la Fiebre Aftosa y sus modificaciones, de acuerdo con un proyecto presentado por el Comité Técnico;
Llevar a cabo el seguiminto y evaluación a la ejecución del presupuesto de inversión del Programa Nacional de Erradicación de la Fiebre Aftosa;
Recomendar los programas regionales de lucha contra la enfermedad;
Diseñar y poner en funcionamiento el plan de seguimiento y evaluación de los planes regionales;
Recomendar la creación de un fondo para la aplicación del fusil sanitario;
Realizar un seguimiento permanente a la legislación relacionada con el control, prevención y erradicación de la fiebre aftosa, y hacer las correspondientes recomendaciones;
Ampliar y conservar las zonas libres de aftosa y hacer el respectivo seguimiento y control de las mismas;
Recomendar el establecimiento de retenes sanitarios con apoyo de la fuerza publica;
Asegurar que la vacuna antiaftosa y su aplicación no representa sino un costo mínimo para el productor ganadero;
Las demás que sean necesarias para el logro de sus objetivos y que no correspondan a otras autoridades gubernamentales.