Son funciones de la Junta Directiva:
Elaborar y reformar los Estatutos del Instituto, con la aprobación posterior del Gobierno Nacional;
Nombrar el Director Ejecutivo;
Adoptar los planes y programas del Instituto;
Crear los cargos indispensables y señalarles sus funciones y asignaciones previa aprobación del Gobierno Nacional;
Aprobar los contratos que celebre el Director Ejecutivo y cuya cuantía exceda de $ 25.000.00 moneda legal;
Determinar y ordenar las inversiones que hayan de hacerse con los dineros del Instituto, o las transitorias de dineros provenientes de los empréstitos que se obtengan y que todavía no sea posible aplicar a su objetivo dentro de las finalidades que señala la presente ley;
Establecer cuáles de los servicios prestados por el Instituto deben ser retribuídos por los beneficiados por medio de tasas, fijar su cuantía y modo de recaudarlos, sin perjuicio de las funciones que corresponden al Instituto Colombiano de la Reforma Agraria.
Para evitar duplicación de funciones en tales servicios, en ningún caso podrán ser los mismos que por virtud de leyes vigentes, corresponden privativamente al Instituto Colombiano de la Reforma Agraria, o a las Cooperativas, salvo que por disposición expresa deleguen en el Instituto que la presente Ley establece esas funciones;
Impartir aprobación a los balances u ordenar las modificaciones del caso;
Aprobar el presupuesto anual;
Darse su propio reglamento.