La Junta Directiva del Instituto estará conformada por el Fiscal General de la Nación o el Vicefiscal quien la presidirá, los Ministros del Interior y de Justicia y de la Protección Social o sus delegados, el Procurador General de la Nación o su Delegado, el Defensor del Pueblo o su Delegado, el Presidente de la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia o su delegado y el Presidente de la Asociación de Facultades de Medicina.
Actuará como Secretario de la Junta el Secretario General del Instituto. A la Junta Directiva pertenece el Director General del Instituto quien participa con voz pero sin voto.
La Junta Directiva se reunirá por convocatoria del Director General del Instituto o del Fiscal General de la Nación.