Realizada la visita o recibida una queja, la Comisión Nacional de regalías procederá de la siguiente manera
Informará por escrito al representante legal de la entidad territorial correspondiente, acerca de los cargos que aparecen en su contra;
El investigado dispondrá de un plazo de diez (10) a treinta (30) días, a juicio del Interventor de la Comisión, para hacer llegar al funcionario del conocimiento los descargos correspondientes;
Dentro de un Plazo de diez (10) a treinta (30) días a juicio del Interventor de la Comisión, se decretarán y practicarán las pruebas que se estimen conducentes. Este término será prorrogable por treinta (30) días más a juicio del Interventor de la Comisión;
Practicadas y presentadas las pruebas el Interventor de Petróleos, presentará el informe ante la Comisión Nacional de Regalías, para que tome la decisión pertinente. En el caso de los municipios y departamentos, de comprobarse que no se le está dando el uso a las regalías y compensaciones que ordenan los artículos 14 y 15 de la Ley 141 de 1994, solicitará el cambio de ejecutor, mediante resolución motivada firmada por el Presidente de la Comisión Nacional de Regalías conjuntamente con el Secretario ejecutivo, la que admite recurso de reposición;
En el caso de tratarse de asignaciones directas del Fondo Nacional de Regalías y de acuerdo con lo estipulado en el artículo 8 numeral 2 de la Ley 141 de 1994, la Comisión Nacional de Regalías dictará la respectiva resolución motivada firmada por el Presidente de la Comisión Nacional de Regalías conjuntamente con el Secretario Ejecutivo, solicitando la retención de los giros de las asignaciones respectivas. La mencionada resolución sólo admite recurso de reposición de conformidad con el Código Contencioso Administrativo agotando la vía gubernativa.
De conformidad con las funciones de la Comisión Nacional de Regalías, ésta podrá delegar en otras entidades públicas o privadas, para que realicen la instrucción de la investigación.
De comprobarse que hubo desviación de recursos provenientes de regalías y compensaciones o de las asignaciones del Fondo Nacional de Regalías, se enviarán copias a las autoridades penales, fiscales y disciplinarias, para que lleven a cabo las investigaciones a que hubiere lugar. En todo caso la Comisión se abstendrá de estudiar nuevos proyectos de inversión a estas entidades territoriales, hasta tanto se tomen y operen los correctivos del caso.