Son funciones de la Junta Directiva:
Formular la política general del organismo y los planes y programas que, conforme a las reglas que prescriba el Departamento Nacional de Planeación y el Ministerio de Trabajo y Seguridad Social deben proponerse para su incorporación a los planes de la seguridad social.
Elaborar y aprobar los estatutos de la entidad y someterlos a la aprobación del Gobierno Nacional.
Efectuar cada año un estudio financiero actuarial y con los sobrantes de cada ejercicio fiscal constituir fondos de reservas que garanticen el cumplimiento de sus objetivos.
Hacer las inversiones financieras, en títulos respaldados por el Gobierno Nacional y en todo caso hacer que ellos estén garantizados por el Banco de la República, entidad que podrá actuar como fideicomisaria de las reservas del Fondo.
Adoptar el reglamento general sobre las condiciones y los términos necesarios para el reconocimiento y efectividad de las prestaciones económicas.
Adoptar el reglamento general sobre prestación de los servicios médico-asistenciales.
Contratar los servicios médico-asistenciales para sus afiliados.
Dirigir y controlar los planes de inversión de las reservas y su manejo financiero.
Fijar la planta de personal del Fondo y someterla a aprobación del Gobierno Nacional.
Autorizar al Director General del Fondo para adjudicar licitaciones y celebrar contratos de conformidad con las normas legales de contratación administrativa, con las limitaciones que sean previstas en los respectivos reglamentos.
Aprobar el presupuesto anual de ingresos, inversiones y gastos, y efectuar los traslados presupuestales necesarios para la ejecución de los programas del Fondo.
Aprobar los balances de comprobación del Fondo.
Las demás que le señalen la ley y los estatutos.